I almindelighed fæces (5-10 mL i fæcesrør med prøvetagningsske), men undersøgelsen kan også udføres på tarmindhold fra forskellige dele af fordøjelseskanalen eller på andet blandingsinficeret materiale eller rektalpodning.
Prøven må ikke forurenes med afføring eller urin fra andre personer eller komme i kontakt med desinfektionsmidler. Fæces opsamles bedst i et omhyggeligt rengjort og varmedesinficeret bækken. I hjemmet kan anvendes en rengjort og skoldet potte eller skål. Hvis afføringen ikke er homogen, udvælges med prøvetagningsskeen materiale fra vandige, løse, slimede, purulente eller blodige områder. For at undgå smitte til andre personer må prøverøret ikke forurenes på ydersiden under fyldningen, og efter påfyldningen skal skruelåget skrues hårdt til, så lækage under transport undgås. Dersom afføringen ved senere kontrolundersøgelse er fast, øges undersøgelsens følsomhed, hvis patienten før prøvetagningen har fået peroralt laksans.
Ved diarrésygdomme påvises bakterierne bedst i fæces fra de første sygdomsdage. Ved septiske salmonella infektioner (tyfus og paratyfus) forekommer bakterierne inkonstant i fæces i sygdommens begyndelse (men de kan da påvises ved almindelig bloddyrkning). Første prøve bør tages før påbegyndelse af antibiotisk behandling; evt. kontrolprøve tidligst 3-4 dage efter behandlingens ophør. Ved akut diarré tages der 1 prøve, hvis denne er negativ og patienten fortsat har diarré da tages der yderligere 2 prøver. Ved diarré af > 1 uges varighed tages der 3 prøver straks. Prøven bør ikke udtages på tidspunkter, der medfører, at den modtages i laboratoriet på lør-, søn- eller helligdage, med mindre der er truffet særlig aftale herom.
Undersøgelsen er akkrediteret af DANAK efter ISO 17025.