Diarré kan skyldes både virus, bakterier og parasitter. De vigtigste er anført herunder:
Virus: norovirus (Roskildesyge), rotavirus, adenovirus, astrovirus, sapovirus.
Bakterier: Campylobacter, Salmonella, diarréfremkaldende E. coli, Yersinia enterocolitica og Shigella sonnei er alle eksempler på bakterier, der giver en tarminfektion og leder til diarré. Clostridium difficile-diarré ses især hos patienter med anden sygdom end mave-tarminfektion, der er i behandling med antibiotika.
Andre bakterier kan vokse i mad og danne et enterotoksin som giver "madforgiftninger", dvs. hurtigt opstået, men mere kortvarig diarré. Det drejer sig om: Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens og Bacillus cereus. Rejserelaterede bakterielle gastroenteritter kan skyldes de samme bakterier, men dertil også E. coli-typer, der normalt ikke ses i Danmark (især de enterotoksigene E. coli, ETEC) samt mere alvorlige infektioner som Salmonella Typhi og S. Paratyphi, Shigella dysenteriae, Sh. boydii, Sh. flexneri, og Vibrio cholerae.
Parasitter (protozoer) er sjældne i Danmark og ses især hjembragt fra områder med lav hygiejne. Vigtigst er Giardia lamblia og Entamoeba histolytica og Cryptosporidium.
Herudover kan man også få diarré af andre årsager:
Kemiske toksiner i visse planter (fx svampe) og frugtsorter, skaldyr, tropiske fisk, kontaminerede fødemidler, sprøjtemidler, tungmetaller (fx bly, cadmium, kviksølv).
Antibiotikainduceret diarré kan fremkaldes af næsten alle antibiotika. Væsentligst i denne forbindelse er som nævnt C. difficile-associeret diarré.
Diarré kan også skyldes andre sygdomme eller være medicininduceret. Dette ses ved en lang række farmaka, fx. laksantia, antacida, antibiotika, cytostatika, digoxin eller anthelmintika. Endvidere efter stråleterapi. Diarré kan også skyldes forhold i den ikke-somatiske del af spektret. Man kan bl.a. få diarré af nervøsitet, fx før en eksamen.