Til analysen skal der indsendes:
- EDTA-blod (5 mL) under akut febril sygdom
- Urin
EDTA-blod foretrækkes til PCR frem for serum, da virusmængden kan være nedsat i serum.
Analysen kan også udføres på andre prøvematerialer, dog med forbehold for svaret.
Man vil typisk finde West Nile virus i blodet i den akutte fase, mens man kan finde West Nile virus i urinen i længere tid efter infektionsstart. For optimal undersøgelse for West Nile virus bør man undersøge to forskellige prøver på patienten en urin og en blod.