Påvisning af Chlamydia trachomatis genovar L 1-3 er tegn på aktuel LGV, men symptomfattig bærertilstand kan ses. Patienten bør dog behandles som ved LGV. Da metoden er baseret på påvisning af et gen, som kun er til stede i en enkelt kopi, kan enkelte sandt positive prøver indeholde utilstrækkelige mængder af DNA til at Chlamydia trachomatis genotypning kan gennemføres.