Mucorales (DNA) (R-nr. 199)

Mistanke om Mucorales infektion (diagnostisk).

Vurdering i forbindelse med kirurgisk debridement om resektionsrandene er frie.

Et af følgende prøvematerialer:

• BAL
• Biopsi
• Ekstraheret DNA
• Podning
• Skrab
• Formalin fikseret paraffinvæv, hvor der ved patologisk undersøgelse er fundet svampeelementer.

Undersøgelse på spinalvæske og andre materialer udføres ikke uden forudgående telefonisk kontakt.

Blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

Prøven kan rekvireres som hasteprøve, kontakt Mykologisk laboratorium og se vejledning vedr. hasteprøver.

Prøven sendes samme dag. Kan prøven ikke sendes samme dag, skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt.

• Påvist (samt artsnavn)
• Ikke påvist
• Inkonklusiv

Svar afgives 1-3 hverdage efter prøvens modtagelse.

Prøver som er rekvireret som ”hasteprøver” kan processeres med svar den efterfølgende hverdag.

Undersøgelse for de hyppigste humanpatogene Mucorales arter og slægter:

• Rhizopus microsporus DNA
• Rhizopus arrhizus DNA
• Mucor spp. DNA
• Lichtheimia spp. DNA (tidligere kendt som Absidia)
• Rhizomucor spp. DNA

Disse Mucorales slægter testes der ikke for:

• Cunninghamella
• Syncephalastrum

Der angives ved positivt fund:

• PÅVIST samt angivelse af Mucorales art/slægt.

Ved negative fund angives:

• IKKE PÅVIST

Et negativt svar udelukker ikke infektion forårsaget af andre Mucorales slægter/arter. Ved fortsat mistanke anbefales ny prøve evt. både til mikroskopi, dyrkning og PCR.

Hvis prøven er svagt positiv svares med kommentar:

• Der er kun påvist få DNA kopier. Kolonisation/forurening kan derfor ikke udelukkes.

• Mikrobiom 16S/18S (bakterier, svampe, parasitter) (R-nr. 1008)
• Molekylær påvisning/ID svampe (DNA) (R-nr. 1011)
• Aspergillus DNA inkl. azol resistens (R-nr. 1065)
• Fusarium (DNA) (R-nr. 191)

Bestemmelse af analytisk sensitivitet og specificitet pågår. Klinisk sensitivitet og specificitet kan ikke beregnes på grund af sygdommens sjældenhed og det modtagne kliniske materiales forskellighed.

Frem til juli 2019 er 18 patienter undersøgt, hvoraf fire har fået påvist Mucorales DNA. Fra de fire patienter var PCR analysen positiv for 41,8% af de i alt 91 prøver (25%-100% pr. patient), tilsvarende mikroskopi med 36,5% ud af 85 prøver (22%-90% per patient), men langt over dyrkning på 12,3% (0-80% pr. patient).

De resterende 14 patienter omfattede 25 PCR negative prøver, hvoraf 20/21 og 19/19 var hhv. mikroskopi og dyrkningsnegative. Den positive mikroskopiprøve kom fra en patient, der ved en bredere analyse (R-nr. 1011) fik påvist Cunninghamella spp. DNA, der ikke er inkluderet i den nuværende Mucorales PCR.

Samlet set har analysen således vist sig nøjagtig på genus og species niveau ifm. fire af fire klinisk konfirmerede tilfælde af invasiv Mucorales infektioner, og der har ikke været eksempler på falsk positive fund.

Analysen indgår desuden i et internationalt samarbejde vedrørende Mucorales PCR diagnostik (FPCRI), hvilket involverer ekstern evaluering af specificitet og sensitivitet.

DNA ekstraktion af prøven og efterfølgende påvisning af Mucorales DNA vha. species specifikke prober i to real-time PCR baserede tests.

IVDR risikoklasse: B
In house komponent: Diverse reagenser, medier, mikroskopi mm.
Internt reference nummer: R-nr. 199
Komponenten opfylder generelle krav til sikkerhed og ydeevne.

NPU54823: Syst(spec.)—Mucorales(DNA); taxon(proc.) = ?
222006015000000 Mucorales DNA /RNA - Bronkoalveolær lavage (BAL)
222004001000000 Mucorales DNA /RNA - Biopsi
222009005000000 Mucorales DNA /RNA - Ekstraheret DNA/RNA
222005000000000 Mucorales DNA /RNA - Podning
222004007000000 Mucorales DNA /RNA - Hud - skrab
222001020000000 Mucorales DNA /RNA – Spinalvæske
222004000100000 Mucorales DNA /RNA - Væv (paraffinindstøbt)

NPU54823: Syst(spec.)—Mucorales(DNA); taxon(proc.) = ?

Bakterier, Parasitter & Svampe
Bakteriologisk Specialdiagnostik

T. 3268 8600
@. afdmi@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-fredag kl. 8.00-15.00