Aspergillus DNA inkl. azol resistens (R-nr. 1065)

Indikation

Formodning om Aspergillus infektion. Overvågning af patienter i risiko for udvikling af Aspergillus infektion, især hos immunkompromitterede patienter, fx hæmatologiske patienter, transplantationsrecipienter eller ved steroidbehandling.

Prøvemateriale, tidspunkt og evt. prøvetagning

Et af følgende prøvematerialer:

  • BAL-væske 2 mL
  • Mini-BAL-væske 2 mL

Følgende prøvekategorier kan undersøges, men er ikke validerede:

  • Blod
  • Plasma
  • Serum
  • Biopsi
  • Ekspektorat
  • Ekstraheret DNA
  • Knoglemarv
  • Kultur
  • Pus
  • Spinal
  • Trakealsekret
  • Væv

Rekvirering

Undersøgelsen kan rekvireres via WebReq i modulet "Klinisk Kemi" eller på blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

Emballering, opbevaring og forsendelse

Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt.

Svar

Første analysesvar:

Aspergillus species1

  • Påvist
  • Ikke påvist
  • Inkonklusiv

Aspergillus fumigatus2

  • Påvist
  • Ikke påvist
  • Inkonklusiv 

Supplerende analysesvar:

  • 1 Svaret ”Aspergillus species påvist” efterfølges af supplerende svar med species.
  • 2 Svaret ”Aspergillus fumigatus påvist” efterfølges af supplerende svar om tilstedeværelse af to typer miljøerhvervede azolresistensmekanismer (TR/L98H og TR46/Y121F/T289A) kan påvises.

Svartid

Første analysesvar gives efter 2-3 hverdage.

Andet analysesvar gives efter yderligere 1-5 hverdage.

Tolkning og reference-værdier/interval

Påvisning af Aspergillus DNA kan ses ved Aspergillus infektion. Imidlertid findes Aspergillus udbredt i miljøet hvorfor der er risiko for transitorisk kolonisation. Positivt fund skal derfor ses på baggrund af prøvens kvalitet og patientens underliggende sygdom.

Aspergillus fumigatus er den hyppigste humanpatogene art. Betinget af azolforbrug til plantebeskyttelse og materialepreservation findes der azol resistente A. fumigatus i miljøet og som årsag til infektion både hos azol naïve og eksponerede patienter.

Azol resistens mekanismen TR46/Y121F/T289A medfører højresistens over for voriconazol og isavuconazol og disse midler bør derfor ikke vælges til behandling af infektioner med denne mekanisme påvist. Azol mekanismen TR34/L98H medfører resistens over for alle azoler.

I enkeltstående tilfælde vil kun dele af miljø resistensmekanisme påvises (fx enten TR34 eller L98H), hvilket kan skyldes en lavere følsomhed ved resistensdelen af analysen. Disse resistensmutationer er yderst sjældent fundet separat og det er derfor overvejende sandsynligt, at der er tale om den tilsvarende kombination af resistens mekanismer.

Bemærk: Der undersøges alene for de to nævnte resistensmekanismer og dermed ikke om der findes andre resistensmekanismer, inkl. de der kan opstå under lang tids azol behandling. Men det er de to inkluderede resistens mekanismer der er associeret med > 50% af de resistente isolater der er påvist i Danmark og > 95% af de der er fundet hos patienter uden langvarig forudgående azol behandling.

Svaret "Inkonklusiv" er udtryk for, at prøven indeholder faktorer, der hæmmer PCR reaktionen så denne ikke forløber optimalt. Ny prøve eller dyrkning af prøven anbefales.

Bemærkning

Enhver mikrobiologisk undersøgelses sensitivitet vil nedsættes hvis patienten modtager behandling. Dette gælder også denne analyse om end analysen detekterer død såvel som levende svamp. Negativt svar udelukker derfor ikke infektion.

At miljøerhvervet resistens ikke er påvist udelukker ikke tilstedeværelsen af andre resistensmekanismer, som de der kan opstå efter langvarig azolbehandling. Mistænkes dette anbefales dyrkning med resistensbestemmelse.
Aspergillus er allestedsnærværende og positivt svar kan skylds kolonisation/forurening.

Sensitivitetet øges hvis analysen kombineres med Aspergillus galactomannan antigen påvisning.

Sensitivitet og specificitet

Analysen er foreløbigt evalueret på BAL. Nedenstående er angivet for BAL:
Analytisk sensitivitet: <10 CFU (colony forming units)/mL. Target er et multi-copy gen, og omregnet giver dette en detektionsgrænse på <1 kopi/µL. Dette er baseret på systematiske forsøg med negative patient-BAL-prøver tilsat et målbart antal Aspergillus sporer. Dette afspejler ikke virkeligheden fuldstændigt, da der i større grad findes frit DNA både i BAL og serum.

Analytisk specificitet: Der er testet på 20 forskellige verificerede Aspergillus stammer og 18 mere eller mindre beslægtede non-Aspergillus stammer, hvorved der er opnået 100% specificitet ved PCR analysen både ift. Aspergillus spp. samt A. fumigatus.

Klinisk sensitivitet og specificitet er beskrevet i litteraturen for hhv.
Aspergillus spp: 76,8-88% og 75-94,5% (Lewis et al).
Aspergillus fumigatus: 85% og 96% (Walsh et al.)
Miljøresistens: 80,0%-88,9% og 89,3-93,3% (Chong et al).

Undersøgelsens princip

Analysen baserer sig på detektion af Aspergillus DNA, hvilket omfatter Aspergillus spp. samt Aspergillus fumigatus specifikt. Derudover kan analysen påvise de to dominerende miljørelaterede azolresistensmekanismer, hvilket kan have en afgørende rolle for valg af behandling.

Synonym

Aspergillus PCR

Bestillingskode

SSI00996 Syst.-Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00997 Biopsi-Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00998 Csv-Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00999 P-Aspergillus DNA inkl azol resistens
220251000100000 Aspergillus DNA/RNA - Fuldblod
220251000900000 Aspergillus DNA/RNA - Serum
220251001000000 Aspergillus DNA/RNA - Serum eller koagelblod
220251001500000 Aspergillus DNA/RNA - Plasma
220251006000000 Aspergillus DNA/RNA - Knoglemarv
220251020000000 Aspergillus DNA/RNA - Spinalvæske
220252014000000 Aspergillus DNA/RNA - Ekspektorat
220252016000000 Aspergillus DNA/RNA - Trakealsekret
220252020000000 Aspergillus DNA/RNA - Pus
220254000000000 Aspergillus DNA/RNA - Væv
220254001000000 Aspergillus DNA/RNA - Biopsi
220256015000000 Aspergillus DNA/RNA - Bronkoalveolær lavage {BAL}
220256015100000 Aspergillus DNA/RNA - Bronkoalveolær lavage {mini BAL}
220257011100000 Aspergillus DNA/RNA - Kultur af mikroorganisme
220259005000000 Aspergillus DNA/RNA - Ekstraheret DNA/RNA

Svarkode

NPU54689 Syst(spec.)—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU54816 Syst(spec.)—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00996 Syst.-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00988 Syst.-A. fumigatus azol resistens
NPU56965 Biopsi(spec.)—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU56968 Biopsi(spec.)—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00997 Biopsi-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00989 Biopsi-A. fumigatus azol resistens
NPU56966 Csv—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU56969 Csv—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00998 Csv-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00990 Csv-A. fumigatus miljøresistens (DNA)
NPU27881 P—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU56967 P—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00999 P-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00051 P-Gær- og skimmelsvampe
SSI00991 P-A. fumigatus azol resistens

Pris

Artikel nr. Pris 2018
98700 1.568,00

Henvendelse

Bakterier, Parasitter og Svampe
Mykologisk og Parasitologisk Specialdiagnostik 

T. 3268 8600
F. 3268 3033
@. afdMI@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00