Aspergillus DNA inkl. azol resistens (R-nr. 1065)

Formodning om Aspergillus infektion. Overvågning af patienter i risiko for udvikling af Aspergillus infektion, især hos immunkompromitterede patienter, fx hæmatologiske patienter, transplantationsrecipienter eller ved steroidbehandling.

Et af følgende prøvematerialer:

• BAL-væske 2 mL
• Mini-BAL-væske 2 mL

Følgende prøvekategorier kan undersøges, men er ikke validerede:

• Blod
• Plasma
• Serum
• Biopsi
• Ekspektorat
• Ekstraheret DNA
• Knoglemarv
• Kultur
• Pus
• Trakealsekret
  
• Væv

Undersøgelsen kan rekvireres i WebReq under laboratoriet Statens Serum Institut eller på blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt.

Første analysesvar:

Aspergillus species¹

• Påvist
• Ikke påvist
• Inkonklusiv

Aspergillus fumigatus²

• Påvist
• Ikke påvist
• Inkonklusiv 

Supplerende analysesvar:

• ¹ Svaret ”Aspergillus species påvist” efterfølges af supplerende svar med species.
• ² Svaret ”Aspergillus fumigatus påvist” efterfølges af supplerende svar om tilstedeværelse af to typer miljøerhvervede azolresistensmekanismer (TR/L98H og TR46/Y121F/T289A) kan påvises.

Første analysesvar gives efter 2-3 hverdage.

Andet analysesvar gives efter yderligere 1-5 hverdage.

Påvisning af Aspergillus DNA kan ses ved Aspergillus infektion. Imidlertid findes Aspergillus udbredt i miljøet hvorfor der er risiko for transitorisk kolonisation. Positivt fund skal derfor ses på baggrund af prøvens kvalitet og patientens underliggende sygdom.

Aspergillus fumigatus er den hyppigste humanpatogene art. Betinget af azolforbrug til plantebeskyttelse og materialepreservation findes der azol resistente A. fumigatus i miljøet og som årsag til infektion både hos azol naïve og eksponerede patienter.

Azol resistens mekanismen TR46/Y121F/T289A medfører højresistens over for voriconazol og isavuconazol og disse midler bør derfor ikke vælges til behandling af infektioner med denne mekanisme påvist. Azol mekanismen TR34/L98H medfører resistens over for alle azoler.

I enkeltstående tilfælde vil kun dele af miljø resistensmekanisme påvises (fx enten TR34 eller L98H), hvilket kan skyldes en lavere følsomhed ved resistensdelen af analysen. Disse resistensmutationer er yderst sjældent fundet separat og det er derfor overvejende sandsynligt, at der er tale om den tilsvarende kombination af resistens mekanismer.

Bemærk: Der undersøges alene for de to nævnte resistensmekanismer og dermed ikke om der findes andre resistensmekanismer, inkl. de der kan opstå under lang tids azol behandling. Men det er de to inkluderede resistens mekanismer der er associeret med >50% af de resistente isolater der er påvist i Danmark og >95% af de der er fundet hos patienter uden langvarig forudgående azol behandling.

Svaret "Inkonklusiv" er udtryk for, at prøven indeholder faktorer, der hæmmer PCR reaktionen så denne ikke forløber optimalt. Ny prøve eller dyrkning af prøven anbefales.

Enhver mikrobiologisk undersøgelses sensitivitet vil nedsættes hvis patienten modtager behandling. Dette gælder også denne analyse om end analysen detekterer død såvel som levende svamp. Negativt svar udelukker derfor ikke infektion.

At miljøerhvervet resistens ikke er påvist udelukker ikke tilstedeværelsen af andre resistensmekanismer, som de der kan opstå efter langvarig azolbehandling. Mistænkes dette anbefales dyrkning med resistensbestemmelse.
Aspergillus er allestedsnærværende og positivt svar kan skylds kolonisation/forurening.

Sensitivitet øges hvis analysen kombineres med Aspergillus galactomannan antigen påvisning.

Ekstern kvalitetssikring

Aspergillus PCR scorede 100% (8/8) i den seneste EQA (ASPDNA18) rundsendt af Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD, https://www.qcmd.org/).

• Aspergillus (galactomannan antigen) (R-nr. 062)
• Gær- og skimmelsvampe (Candida, Cryptococcus og Aspergillus) (påvisning, identifikation og resistensbestemmelse) (svampemidler til systemiske infektioner) (R-nr. 052)
• Mikrobiom 16S/18S (bakterier, svampe, parasitter) (R-nr. 1008)
• Aspergillus DNA og galactomannan Ag (R-nr. 1066)

Analysen er foreløbigt evalueret på BAL. Nedenstående er angivet for BAL:
Analytisk sensitivitet: <10 CFU (colony forming units)/mL. Target er et multi-copy gen, og omregnet giver dette en detektionsgrænse på <1 kopi/µL. Dette er baseret på systematiske forsøg med negative patient-BAL-prøver tilsat et målbart antal Aspergillus sporer. Dette afspejler ikke virkeligheden fuldstændigt, da der i større grad findes frit DNA både i BAL og serum.

Analytisk specificitet: Der er testet på 20 forskellige verificerede Aspergillus stammer og 18 mere eller mindre beslægtede non-Aspergillus stammer, hvorved der er opnået 100% specificitet ved PCR analysen både ift. Aspergillus spp. samt A. fumigatus.

Klinisk sensitivitet og specificitet er beskrevet i litteraturen for hhv.
Aspergillus spp: 76,8-88% og 75-94,5% (Lewis et al).
Aspergillus fumigatus: 85% og 96% (Walsh et al.)
Miljøresistens: 80,0%-88,9% og 89,3-93,3% (Chong et al).

Analysen baserer sig på detektion af Aspergillus DNA, hvilket omfatter Aspergillus spp. samt Aspergillus fumigatus specifikt. Derudover kan analysen påvise de to dominerende miljørelaterede azolresistensmekanismer, hvilket kan have en afgørende rolle for valg af behandling.

IVDR risikoklasse: B
In house komponent: Mastermix (primere og prober)
Internt reference nummer: R-nr. 1065
Komponenten opfylder generelle krav til sikkerhed og ydeevne.

Aspergillus PCR

SSI00996 Syst.-Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00997 Biopsi-Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00998 Csv-Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00999 P-Aspergillus DNA inkl azol resistens
220251000100000 Aspergillus DNA/RNA - Fuldblod
220251000900000 Aspergillus DNA/RNA - Serum
220251001000000 Aspergillus DNA/RNA - Serum eller koagelblod
220251001500000 Aspergillus DNA/RNA - Plasma
220251006000000 Aspergillus DNA/RNA - Knoglemarv
220251020000000 Aspergillus DNA/RNA - Spinalvæske
220252014000000 Aspergillus DNA/RNA - Ekspektorat
220252016000000 Aspergillus DNA/RNA - Trakealsekret
220252020000000 Aspergillus DNA/RNA - Pus
220254000000000 Aspergillus DNA/RNA - Væv
220254001000000 Aspergillus DNA/RNA - Biopsi
220256015000000 Aspergillus DNA/RNA - Bronkoalveolær lavage {BAL}
220256015100000 Aspergillus DNA/RNA - Bronkoalveolær lavage {mini BAL}
220257011100000 Aspergillus DNA/RNA - Kultur af mikroorganisme
220259005000000 Aspergillus DNA/RNA - Ekstraheret DNA/RNA

SSI00996 Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00997 Aspergillus DNA inkl azol resistens
SSI00999 Aspergillus DNA inkl azol resistens
NPU54689 Syst(spec.)—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU54816 Syst(spec.)—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00996 Syst.-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00988 Syst.-A. fumigatus azol resistens
NPU56965 Biopsi(spec.)—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU56968 Biopsi(spec.)—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00997 Biopsi-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00989 Biopsi-A. fumigatus azol resistens
NPU56966 Csv—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU56969 Csv—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00998 Csv-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00990 Csv-A. fumigatus miljøresistens (DNA)
NPU27881 P—Aspergillus fumigatus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
NPU56967 P—Aspergillus(DNA); arb.k.(proc.) = ?
SMD00999 P-Aspergillus (Molekylærbio. ID)
SSI00051 P-Gær- og skimmelsvampe
SSI00991 P-A. fumigatus azol resistens

Bakterier, Parasitter & Svampe
Mykologisk & Parasitologisk Specialdiagnostik 

T. 3268 8600
F. 3268 3033
@. afdMI@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00