Da denne metode potentielt kan påvise og identificerer mere end 50.000 forskellige bakterier og eukaryote arter, er det ikke muligt at angive sensitivitet og specificitet for alle kombinationer af prøvematerialer og mikroorganismer.
Metoden er testet på pools, tilsat mere end 60 kendte forskellige arter af parasitter, svampe og bakterier. Derudover evalueres metoden løbende på kliniske prøver primært indsendt til undersøgelse for bakterielle eller parasitære infektioner. På baggrund af disse resultater har sensitiviteten for denne analyse vist sig overordnet at være på niveau med eller bedre end traditionelle metoder, som dyrkning og traditionel 16S og 18S PCR efterfulgt af sanger sekventering, med mange eksempler på fund af ellers oversete kliniske relevante mikroorganismer.
Det skal dog bemærkes, at metoden er fundet mindre egnet til: Giardia, Dientamoeba fragilis, samt Leishmanina spp., og at visse parasitter, svampe og bakterier kun kan navngives til genus niveau. I disse tilfælde vil supplerende analyse være påkrævet for evt. artsidentifikation til species niveau. Ligeledes er metoden mindre velegnet til artsidentifikation af nogle tarmpatogene bakterier, som E. coli/Shigella, og kan ikke påvise eventuelle toxin/virulensgener.