Molekylær påvisning/ID svampe (DNA) (R-nr. 1011)

Indikation

Diagnostik ved mistanke om infektion med svampe.

Identifikation af svampekultur. 

Prøvemateriale, tidspunkt og evt. prøvetagning

Et af følgende prøvematerialer eller renkultur: 

  • Biopsier
  • EDTA blod > 2 mL
  • Spinalvæske > 2 mL 
  • Væsker: Ascitesvæske, ledvæske, pleuravæske, drænvæske, urin, BAL og lign. > 1 mL 
  • Corneaskrab og øjevæsker
  • Ekstraheret DNA
  • Svampekulturer til identifikation

Steril håndtering ved prøvetagning er essentiel for normalt sterile væsker.

Blod: Til undersøgelse for svampe DNA ved PCR/sekventering foretrækkes > 2 mL blod udtaget sterilt direkte i vakuumrør med EDTA. Røret vendes nogle gange for at undgå koagulation.

Væsker og pus udtages ved evt. perkutan punktur eller ved punktur af drænslange nær patienten. Aldrig fra beholder eller flaske langt fra patienten. 

Rekvirering

Undersøgelsen kan rekvireres via WebReq i modulet "Klinisk Kemi" eller på blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

Emballering, opbevaring og forsendelse

Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt.

Svar

  • Påvist (så vidt muligt med arts eller slægtsnavn ved klinisk relevant fund)
  • Ikke påvist
  • Inkonklusiv (fund af svampe DNA kan hverken af- eller bekræftes og det er muligt, at der er DNA fra flere svampe i prøven, hvilket umuliggør et entydigt resultat)

Svartid

Svar afgives 1-6 hverdage efter prøvens modtagelse.

Tolkning og reference-værdier/interval

Fundet skal altid sammenholdes med det kliniske billede. Negativt svar udelukker ikke infektion.

Bemærkning

Ift. primær diagnostik: Da metoden opformerer og påviser DNA fra, i princippet, alle svampe, er analysen følsom i forhold til kontaminering under prøvetagningen, fra omgivelser osv. 


Kun hvad der betragtes som klinisk relevante fund rapporteres. Hvis patogen betydning anses som tvivlsom betinget af identifikationen af den fundne svamp, vil dette fremgå som en kommentar på svaret.

Ved mistanke om aspergillose kan følgende analyser anvendes:
R-nr. 1065 Aspergillus DNA inkl. azol resistens 
R-nr. 1066 Aspergillus DNA og galactomannan Ag 

Ved mistanke om cryptococcose anbefales:
R-nr. 058 Cryptococcus (Ag) 

For en bredere mikrobiologisk undersøgelse hvor ikke kun svampe mistænkes kan følgende analyse anvendes:
R-nr. 1008 Mikrobiom 16S/18S (bakterier, svampe, parasitter) 

Sensitivitet og specificitet

Den indledende PCR opformerer et specifikt stykke DNA (ITS), der findes i alle svampe, men ikke nødvendigvis påvises med samme sensitivitet og specificitet. Ligeledes har prøvematerialet også en væsentlig betydning for analysens performance. Det er derfor er ikke muligt at angive sensitivitet og specificitet for alle kombinationer af svampe og prøvematerialer. Analysens diagnostiske potentiale er især begrænset ved infektioner forårsaget af to eller flere svampe (polyfungale infektioner) samt paraffinsnit, som ikke anses for at være sterilt materiale.

Er der indsendt en renkultur, vil molekylærbiologisk identifikation være entydig og specifik, og så vidt muligt til genus og species niveau.

Metoden er testet på mere end 100 primære kliniske prøver indsendt med fokus på svampeinfektioner. På baggrund af disse resultater har sensitiviteten for denne analyse vist sig overordnet at være på niveau med eller bedre end traditionelle metoder, som dyrkning og mikroskopi.

Analysen er imidlertid ikke optimeret for Cryptococcus infektioner som ud fra deres DNA sammensætning kan forventes at påvises med lavere sensitivitet. Ved mistanke om cryptococcose anbefales antigen bestemmelse (R-nr. 058), samt mikroskopi og dyrkning. 

Undersøgelsens princip

Ved primær diagnostik, undersøges der for tilstedeværelse af DNA fra svampe ved universel svampe PCR (ITS), efterfulgt af Sanger sekvensering. Såfremt der er angivet specifik mistanke om Mucorales eller Fusarium infektion, suppleres med specifikke PCR analyser. De eksisterende Mucorales og Fusarium PCR analyser er dog ikke færdig validerede, hvorfor disse resultater skal tages med et forbehold.

Ved identifikation anvendes ligeledes en universel svampe PCR (ITS) efterfulgt af Sanger sekvensering, suppleret med undersøgelse og sekvensering af andre DNA områder (beta-tubulin og translation elongation factor), når dette er nødvendigt for identifikation til species niveau. 

Bestillingskode

SSI00080

Svarkode

SSI00080

Pris

Artikel nr. Pris 2018
90587 896,00
91215 (tillæg molekylærbio. ID af svampe (DNA))  2.154,00

Henvendelse

Bakterier, Parasitter og Svampe
Mykologisk og Parasitologisk Specialdiagnostik 

T. 3268 8600
F. 3268 3033
@. afdMI@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00