Mundhule, svælg, genitalia, ekspektorat og fæces: Gærsvampe forekommer normalt på slimhinder, hvorfor påvisning af enkelte svampekolonier almindeligvis er uden klinisk betydning. Påvisning af en del eller mange svampekolonier kan have diagnostisk værdi. Tilsvarende gælder for skimmelsvampe, hvor også gentagne fund støtter diagnosen.
Urin: Da gærsvampe forekommer normalt på urethras slimhinde, bør påvisning vurderes kritisk.
Blod, spinalvæske, pus fra abscesser, biopsier ol.: Hvis prøven er udtaget sterilt, er påvisning af blot enkelte gærsvampe (Cryptococcus, Candida mfl.) eller skimmelsvampe næsten altid sikkert bevis for infektion med den pågældende svamp.
Materiale fra de nedre luftveje inkl. BAL: Da skopet/suget føres igennem mund eller næse vil fundet af Candida i langt de fleste tilfælde skyldes tilblanding af koloniserende flora herfra. Derimod vil påvisning af blot enkelte Aspergillus, Fusarium eller zygoyceter fra en risiko være et relevant tegn på sandsynlig infektion.