Undersøgelsen kan foretages ved formodning om pneumoni, bakteriæmi og/eller meningitis, hvor ætiologien ikke har kunnet fastlægges ved dyrkning eller mikroskopi. Dersom invasiv pneumokoksygdom udelukkende er påvist med PCR, kan der undertiden foretages serotypebestemmelse baseret på pneumokokantigen i en urinprøve.