Forskning i Clostrioides difficile

SSI udfører national overvågning af C. difficile ved hjælp af helgenom-baseret typning af prøver indsendt fra regionale KMA’er. Forskningen, som understøtter denne overvågning, involverer bioinformatisk sekvensanalyse til identifikation af klonale typer og resistensmekanismer, samt epidemiologiske undersøgelser, hvor typning korreleres med mortalitet, transmission mv.

Senest redigeret den 19. juni 2023

Fokusområde og formål

Der registreres årligt i Danmark over 4.000 patienter med en C. difficile infektion.

SSI modtager C. difficile positive prøver fra regionale KMA’er, som underlægges helgenomsekventering og herfra udledes toksinprofiler og forskellige typninger såsom Multi Locus Sequence Typing (MLST) og Single Nucleotide Polymorphism (SNP).

Prøver indsendes til SSI, dels løbende igennem året og udvælges her på baggrund af binært toksin positive, svær klinik eller mistanke om udbrud og dels ved en sentinel undersøgelse hvor alle KMA’er indsender alle toksingene prøver en måned i foråret og en måned i efteråret.

Endelig udføres wgMLST/SNP-analyser, som på mest detaljerede vis, viser udbredelse af klonale typer og hjælper i udbrudshåndtering og belyser smittetransmission. SSI udvikler løbende de laboratoriebaserede og bioinformatiske analyser og samarbejder med regionale KMA om den nationale overvågning og epidemiologiske undersøgelser.

Forskningsprojekter

Forskning i helgenom-baseret typning af C. difficile.

SSI udvikler og optimerer løbende denne analysegang som involverer DNA oprensning, biblioteksfremstilling, automatisering og hurtiganalyser til akutte prøver. Senest er bioinformatiske metoder til identifikation af resistensmekanismer under udvikling og forventes at kunne bidrage til en forbedret overvågning og patient- og udbrudshåndtering.

Kontakt: Søren Persson og Eva Møller Nielsen. Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe

Forskning i C. difficile infektioners epidemiologi og mortalitet

Projektet er retrospektivt og tager udgangspunkt i prøver indsendt fra årene 2018-2022, hvor der er tilvejebragt fuldgenomsekvensdata på alle C. difficile isolater. Herved kan isolaternes sekvenstype, toksinprofil, klonalitet og genotypisk resistens sammenkobles med følgende registerdata: dødelighed (Landpatientregisteret), hospitalsindlæggelses sted/varighed (EpiLinx), hospitalsassocieret/samfundsassocieret infektionsdata (HAIBA) og patienters folkeregisteradresse.

Det forventes derfor, at opnå ny viden om udbredelsen/transmission og epidemiologi af specifikke C. difficile typer (toksin, resistens, klon etc.), der kan bidrage til forebyggelse og forbedring af det nuværende infektionsberedskab.

Der forskes også i One Health. Igennem årene 2018-22 har der været indsamlet og opdyrket C. difficile fra fæcesprøver fra hunde, slagtegrise og -kyllinger. Undersøgelserne har vist, at der for nogle prøver er klonalt overlap til isolater fra danske patienter fra samme periode og derfor en mulig transmissionskilde.

Projektet er igangværende med planer om at udvide eksisterende prøvematerialer, samt yderligere prøver fra pindsvin og muslinger/østers.

Kontakt: Søren Persson og Eva Møller Nielsen. Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe

Udvalgte publikationer

Persson S, Nielsen HL, Coia JE, Engberg J, Olesen BS, Engsbro AL, Petersen AM, Holt HM, Lemming L, Marmolin ES, Søndergaard TS, Andersen LP, Jensen MBF, Wiuff C, Sørensen G, Nielsen SH, Nielsen EM.: Sentinel surveillance and epidemiology of Clostridioides difficile in Denmark, 2016 to 2019. Euro Surveill. 2022 Dec;27(49). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2022.27.49.2200244. PubMed PMID: 36695439; PubMed Central PMCID: PMC9732923.

Bjöersdorff OG, Lindberg S, Kiil K, Persson S, Guardabassi L, Damborg P.: Dogs are carriers of Clostridioides difficile lineages associated with human community-acquired infections. Anaerobe. 2021 Feb;67:102317. doi: 10.1016/j.anaerobe.2020.102317. Epub 2021 Jan 6. PubMed PMID: 33418077.