Referencelaboratorium for tarmbakteriologi

Indledning

Referencelaboratoriet udfører artsidentifikation og typning af tarmpatogene bakterier indsendt af de danske klinisk mikrobiologiske afdelinger. Disse overvågningsdata rapporteres både til nationale og internationale myndigheder. Laboratoriet anvender genomsekventering og specialiserede molekylære typningsmetoder på en bred vifte af bakterier. Det videnskabelige personale anvender indrapporterede data og laboratoriedata til udredning af smitteveje og smittekilder, påvisning af udbrud, følge trends med mere.

Sektionen fungerer som ECDC’s mikrobiologiske referencelaboratorium og organiserer eksterne kvalitetsprogrammer (EQA) for molekylær typning og antimikrobiel resistensbestemmelse i samarbejde med European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) i Stockholm. 

Desuden udføres forskning i relation til vand- og fødevarebårne infektioner i samarbejde med danske og internationale samarbejdspartnere.

Bakterier under særlig overvågning

• Salmonella
• Campylobacter
• Listeria 
• Clostridium difficile 
• Diaré-fremkaldende E. coli  
• Yersinia enterocolitica 
• Shigella 

Undersøgelser

• Artsidentifikation af aerobe og anaerobe tarmpatogene bakterier
• Salmonella serotypning efter Kauffmann-White skema af LPS (O-antigener) og flageller (H-antigener) 
• O-gruppering af Shigella subgrupper (S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii og S. sonnei) 
• O-gruppering og biotypning af Yersinia enterocolitica og Vibrio cholerae 
• Genotypisk artsbestemmelse af termofile Campylobacter arter 
• Genotypisk artsbestemmelse af Aeromonas (A. hydrophila, A. caviae, A. veronii og A. media) 
• Virulenskarakterisering og serotypning af diaréfremkaldende E. coli 
• Virulensgen-profil, tandem repeat sekvens typning (TRST) og multi locus sekvens typning (MLST) af C. difficile baseret på helgenomsekventering.
• Resistensbestemmelse – Salmonella, E. coli, Shigella, Campylobacter, C. difficile
• Påvisning og karakterisering af resistens- og virulensgener 
• Helgenomsekventering af alle bakterier 
• Multi-locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA) på Salmonella 
• Pulsed-field gel elektroforese (PFGE) på flere bakterier 

Referencefunktioner

Sektion for Fødevarebårne Infektioner, herunder referencelaboratoriet for tarmbakteriologi, udfører en række nationale of internationale referencefunktioner, herunder special- og referencediagnostik, rådgivning om diagnostiske metoder, overvågning af infektioner, udredning af vand- og fødevarebårne udbrud ved brug af mikrobiologiske, molekylærbiologiske og epidemiologiske metoder. 

EU-referencefunktioner 

Sektion for Fødevarebårne Infektioner har flere kontrakter om udførelse af opgaver for European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Disse opgaver er støttefunktioner til ECDC's initiativer vedrørende overvågning af antimikrobiel resistens samt den laboratoriebaserede overvågning af fødevarebårne infektioner ved brug af molekylære typningsdata fra hele Europa. Sektionen organiserer eksterne kvalitetsprogrammer (EQA’er) for bestemmelse af antimikrobiel resistens i Salmonella og Campylobacter samt EQA’er for typningsmetoder, herunder helgenomsekvensering, af Salmonella, Listeria og Shiga-toksinproducerende E. coli.

Referencefunktionerne understøttes af forskning og udvikling indenfor

• Fødevarebårne og zoonotiske bakteriers epidemiologi
• Udvikling af typningsmetoder, særligt baseret på helgenom-sekvensering
• Udvikling af analyseværktøjer til sekvensdata
• Smitteveje og –kilder 
• Virulensmekanismer 
• Antibiotikaresistens
• Populationsstruktur og fylogeni 
• Metagenomanalyser til direkte påvisning og typning af patogener i fæcesprøver
• Patogenese af non-typhoide/typhoide og monofasiske Salmonella 
• Identifikation og subtypning af virulensfaktorer i diaréfremkaldende E. coli 

Rapportering

Annual report on Zoonoses in Denmark

DANMAP rapport udgives årligt med resistensdata for bl.a. Salmonella og Campylobacter

Det aktuelle antal infektioner i Danmark rapporteres løbende til ”overvågning i tal, grafer og kort”.

ECDC, TESSy: Forekomst fødevarebårne bakterier samt typnings- og resistensdata for disse rapporteres til The European Surveillance System hos ECDC.

EQA rapporter udarbejdet for ECDC

Netværk

European Food- and Waterborne Diseses and Zoonoses Network (FWD-Net), European Centre of Disease Prevention and Control (ECDC)

One Health European Joint Programme