Mycobacterium genotypning (DNA) (R-nr. 128)

Indikation

Genotypning af mykobakterier, både arter tilhørende Mycobacterium tuberculosis complex (M. tuberculosis, M. bovis, M. bovis BCG, M. africanum, M. microti, M. canettii, M. caprae og M. pinnipedi) og atypiske mykobakterier.

Alle mykobakterier har en karakteristisk genotype (DNA-profil). Genotypning kan derfor benyttes til at sandsynliggøre, hvorvidt stammer er beslægtede. Dette bruges fx til udredning af; TB-udbrud, kontamination, smitteopsporing, erhvervsbetinget TB m.fl. I særlige tilfælde kan genotypning også bruges som supplement til genotypisk resistensbestemmelse og speciesbestemmelse.

Genotypning foretages normalt automatisk i Danmark (uden beregning) på isolater fra nye Mycobacterium tuberculosis complex positive patienter som led i TB-overvågningen. Herudover foretages genotypning på udvalgte atypiske mykobakterier som led i standardundersøgelsen.

Prøvemateriale, tidspunkt og evt. prøvetagning

Analysen udføres på materiale fra en standarddyrkning R-nr. 144. Fra udlandet kan evt. fremsendes M. tuberculosis complex isolater, se forsendelse nedenfor. Genotypningen kan forsøges på mikroskopi positive prøver i særlige hastesituationer.

Rekvirering

Blanket nr. 1 "Bakterier" (lys orange kant).

Emballering, opbevaring og forsendelse

Isolater emballeres og forsendes forsvarligt ifølge gældende regler for klasse 3 bakterier.

Vedr. primærprøver se R-nr. 144.

Svar

MIRU-VNTR genotype eller Next Generation Sequencing (NGS) lineage for M. tuberculosis. Hvis der findes andre isolater i samme geografiske område (fx Danmark) med samme genotype, taler man om en "smittekæde". Dette vil fremgå af svaret.

Genotyper som ikke er set i samme geografiske område (fx Danmark) besvares med: "Denne genotype (stamme) ligner ikke andre hidtil undersøgte stammer". Der kan således være tale om smitte i udlandet, fra en uidentificeret person eller fra en person hvis mykobakterier endnu ikke er genotypet.

Smittekæder beskrives ofte geografisk og etnisk, og evt. kendte resistensproblemer anføres.

Svartid

Svar afgives 1-2 uger efter isolat foreligger eller primærprøver er dyrkningspositive.

Tolkning og reference-værdier/interval

Svaret angives med et MIRU-VNTR smittekæde navn eller NGS lineage. Dette gælder også for stammer som ikke har en kendt smittekæde (unikke stammer).

Bemærkning

I Danmark fremdyrkes relevante isolater i klasse III sikkerhedslaboratoriet på Statens Serum Institut.

Referencer:

  • Weniger T, Krawczyk J, Supply P, Niemann S, Harmsen, D. MIRU-VNTRplus: a web tool for polyphasic genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex bacteria. Nucleic Acids Res 2010, 38 Suppl:W326-331.
  • Allix-Béguec C, Harmsen D, Weniger T, Supply P, Niemann S. Evaluation and user-strategy of MIRU-VNTRplus, a multifunctional database for online analysis of genotyping data and phylogenetic identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates. J Clin Microbiol 2008, 46(8):2692-2699.
  • Supply P, Allix C, Lesjean S, Cardoso-Oelemann M, Rusch-Gerdes S, Willery E, et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. Journal of clinical microbiology. 2006;44(12):4498-510. Epub 2006/09/29. doi: 10.1128/jcm.01392-06. PubMed PMID: 17005759; PubMed Central PMCID: PMCPmc1698431.
  • Cabibbe AM, Walker TM, Niemann S, Cirillo D.M Whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis. ur Respir J. 2018 Nov 1;52(5). pii: 1801163. doi: 10.1183/13993003.01163-2018.
  • Fedrizzi T, Meehan CJ, Grottola A, Giacobazzi E, Fregni Serpini G,Tagliazucchi S, Fabio A, Bettua C, Bertorelli R, De Sanctis V, Rumpianesi F, Pecorari M, Jousson O, Tortoli E, Segata N. Genomic characterization of Nontuberculous Mycobacteria. Sci Rep. 2017 Mar 27;7:45258. doi: 10.1038/srep45258.

Analysens princip

Epidemiologisk typning:
MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variabel Number of Tandem Repeats) i 24 loci. Patienter hvis bakterier har samme genotype (eller kun lille forskel) er beslægtede og tilhører samme smittekæde. De kan have smittet hinanden ”for nyligt”. Analysen udføres normalt på det første M. tuberculosis complex isolat samt ved recidiv, og når som helst man ønsker at forfølge smittekæde information.

NGS:
Helgenomsekventering, hvor 99% af genomet findes, og man kan ligesom ved MIRU-VNTR finde patienters bakteries smittekæder med få SNP’s (single-nucleotide polymorphism) forskelle, som kan være beslægtede. Herudover udføres analysen på udvalgte atypiske mykobakterie isolater samt i særlige tilfælde i forbindelse med species og resistensbestemmelse af mykobakterier.

Synonym

Subtypning

Akkreditering

DANAK logo   Undersøgelsen er akkrediteret af DANAK efter ISO 17025.

Bestillingskode

NPU26844 Syst(spec.)—Mycobacterium tuberculosis complex(DNA); taxon(proc.) = ?
121561017100000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Blod (heparin-glas)
121561006000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Knoglemarv
121561040000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Pleuravæske
121561041000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Perikardievæske
121561042000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Ascitesvæske
121561030000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Ledvæske
121563043300000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Fæces
121565046030700 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Sekret - podning - Vagina
121565046030760 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Sekret - podning - Cervix
121565000030760 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Podning - Cervix
121565000030745 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Podning - Endometrium (slimhinde - livmoder)
121562014000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Ekspektorat
121562016000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Trachealsekret
121566015000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Bronkoalveolær lavage (BAL)
121562020000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Pus
121565030000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Sår - podning
121561020000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Spinalvæske
121561020200000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Hjerneventrikelvæske (liquor)
121563011000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Urin - midtstråle
121566012000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Ventrikelskyllevæske (mavesæk)
121564000900000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Biopsi-hud
121564003000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Knoglevæv
121564006000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Lymfeknude - væv
121564001020020 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Biopsi - Pleura
121564000000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Væv
121564000100000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Væv (paraffinindstøbt)
121562021030700 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Sekret - Vagina
121562021030760 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Sekret - Cervix
121564010030745 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Afskrab - Endometrium (slimhinde - livmoder)
121566020010001 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Væske - Hjerne
121564007000000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Hud - skrab
121564001200000 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Bindevæv
121564000020020 Mycobacterium tuberculosis (TB) complex Genotypning - Væv - Pleura

Svarkode

NPU26844 Syst(spec.)—Mycobacterium tuberculosis complex(DNA); taxon(proc.) = ?

Pris

Artikel nr. Pris 2019
90490 1.974,00

Sygdomsbeskrivelser

Henvendelse

Tuberkulose & Mykobakterier

T. 3268 3731
@. tuberkulose@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00