Mycobacterium tuberculosis complex (DNA) (genotyping) (R-nr. 128)

Indikation

Genotypning af arter tilhørende Mycobacterium tuberculosis complex (M. tuberculosis, M. bovis, M. bovis BCG, M. africanum, M. microti, M. canettii, M. caprae og M. pinnipedi).

Alle M. tuberculosis complex stammer har en karakteristisk genotype (DNA-profil).

Metoden kan derfor benyttes til at sandsynliggøre, hvorvidt stammer er beslægtede. Bruges bl.a. til udredning af TB-udbrud, kontamination, smitteopsporing, erhvervsbetinget TB m.fl.

Foretages normalt automatisk i Danmark (uden beregning) på isolater fra nye Mycobacterium tuberculosis complex positive patienter som led i TB-overvågningen.

Prøvemateriale, tidspunkt og evt. prøvetagning

Analysen udføres på materiale fra en standarddyrkning R-nr. 144. Fra udlandet kan evt. fremsendes M. tuberculosis complex isolater, se forsendelse nedenfor. Genotypningen kan forsøges på mikroskopi positive prøver i særlige hastesituationer.

Rekvirering

Blanket nr. 1 "Bakterier" (lys orange kant).

Emballering, opbevaring og forsendelse

Isolater emballeres og forsendes forsvarligt ifølge gældende regler for klasse 3 bakterier.

Vedr. primærprøver se R-nr. 144.

Svar

MIRU-VNTR genotype.

Hvis der findes andre isolater i samme geografiske område (fx Danmark) med samme genotype, taler man om en "smittekæde". Dette vil fremgå af svaret.

Genotyper som ikke er set i samme geografiske område (fx Danmark) besvares med: "Denne genotype (stamme) ligner ikke andre hidtil undersøgte stammer". Der kan således være tale om smitte i udlandet, fra en uidentificeret person eller fra en person hvis mykobakterier endnu ikke er genotypet.

Smittekæder beskrives ofte geografisk og etnisk, og evt. kendte resistensproblemer anføres. 
 

Svartid

Svar afgives 1-2 uger efter isolat foreligger eller primærprøver er dyrkningspositive.

Tolkning og reference-værdier/interval

Svaret angives med et smittekæde navn. Dette gælder også for stammer som ikke har en kendt smittekæde (unikke stammer).

Bemærkning

I Danmark fremdyrkes relevante isolater i klasse III sikkerhedslaboratoriet på Statens Serum Institut.

Referencer:

  • Weniger T, Krawczyk J, Supply P, Niemann S, Harmsen, D. MIRU-VNTRplus: a web tool for polyphasic genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex bacteria. Nucleic Acids Res 2010, 38 Suppl:W326-331.
  • Allix-Béguec C, Harmsen D, Weniger T, Supply P, Niemann S. Evaluation and user-strategy of MIRU-VNTRplus, a multifunctional database for online analysis of genotyping data and phylogenetic identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates. J Clin Microbiol 2008, 46(8):2692-2699.
  • Supply P, Allix C, Lesjean S, Cardoso-Oelemann M, Rusch-Gerdes S, Willery E, et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. Journal of clinical microbiology. 2006;44(12):4498-510. Epub 2006/09/29. doi: 10.1128/jcm.01392-06. PubMed PMID: 17005759; PubMed Central PMCID: PMCPmc1698431.

Undersøgelsens princip

Epidemiologisk typning: MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetetive Units - Variabel Number of Tandem Repeats) i 24 loci. Man kan antage, at patienter i smittekæder med ens eller kun én forskel i deres DNA-profiler kan være beslægtede. Analysen udføres normalt på det første M. tuberculosis complex isolat samt ved recidiv, og når som helst man ønsker at forfølge smittekæde information.

Synonym

Subtypning

Akkreditering

DANAK logo   Undersøgelsen er akkrediteret af DANAK efter ISO 17025.

Bestillingskode

NPU26844 Syst(spec.)—Mycobacterium tuberculosis complex(DNA); taxon(proc.) = ?

Svarkode

NPU26844 Syst(spec.)—Mycobacterium tuberculosis complex(DNA); taxon(proc.) = ?

Pris

Artikel nr. Pris 2018
90490 1.939,00

Sygdomsbeskrivelser

Henvendelse

Tuberkulose og Mykobakterier

T. 3268 3731
@. tuberkulose@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00