Endemiske svampe (R-nr. 1084)

Formodning om endemiske svampeinfektioner. Coccidioides, Histoplasma, Blastomyces, Paracoccidioides, Talaromyces, Emergomyces og Sporothrix. Disse erhverves i visse endemiske områder i udlandet og kræver således relevant rejseanamnese.

Der kan i Paris udføres specifik PCR for Coccidioides og Histoplasma/Blastomyces og i særlige tilfælde også andre arter (efter aftale).

Ønskes dyrkning på mistanke om et af disse agens, skal dette for de fire første ske i eksternt BSL3 laboratorium (i Paris). Det er derfor vigtigt, både af hensyn til laboratoriesikkerheden og for at få den rigtige PCR-analyse, at markere den mistænkte art og/eller rejseanamnese.

Analysen udføres derfor også kun efter aftale med svampelaboratoriets læger.

Et af følgende prøvematerialer: 

• Biopsi 
• EDTA-stabiliseret fuldblod >1 mL
• Pus
• Spinal >500 µL
• Væske
• Væv
• BAL
• Bronkial aspirat

Blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

PCR (agens der ønskes testes for angives, da det drejer sig om specifikke PCR analyser).
Hvis der også supplerende dyrkning for endemisk svamp angives dette.

Prøver bør opbevares og sendes på køl (ca. 4 °C).

PCR:
Påvist / Ikke påvist (for hver art) /
Inhibition
Ct værdi (men kun internt)

Dyrkning og mikroskopi:
Påvist (med artsnavn) eller ikke påvist.

PCR svar afgives 1-2 uger efter prøvens modtagelse.

Detaljer:

• Analysen udføres normalt onsdage og svartid afhænger derfor af ugedag og forsendelsestid, forventeligt 3-10 dage.
• Dyrkning inklusiv mikroskopi på Pasteur er desuden en mulighed – prøver dyrkes 8 uger.
• Valg af analyser aftales med SSIs svampelaboratorium.

PCR:
Påvist/ikke påvist/inhibition for hver undersøgt svampeart.
Ct værdi angives for positive og indtastes internt

Mikroskopi og dyrkning:
Mikroskopifund: Ingen svampeelementer/påvist (med angivelse fund).
Dyrkning: Ingen vækst/ Vækst (med angivelse af art og eventuel mængde).

Da endemiske svampe normalt ikke findes som normalflora, vil ethvert fund være af sandsynlig klinisk betydning.

Dyrkning kan udføres hvis ønsket og anført ved bestilling af analysen.

Analysen udføres af Laboratorie for Mycology-parasitology, Saint-Louis hospital, Paris, France, National Reference Center for Invasive Mycoses and Antifungals. Dyrkninger udføres i samarbejde med National Reference Center for Invasive Mycoses and Antifungals, Institut Pasteur, Paris, France.

For Coccidioides er analytisk sensitivitet 1-16 fg (Wilkes et al, Mycoses 2023).

For Histoplasma, er analytisk sensitivitet 10 genomkopier.

Et retrospektivt studie (Alanio et al, Journal of Molecular Diagnostics 2021) af materiale fra 44 proven histoplasmosis cases har vist 97,7% klinisk sensitivitet og 99% specificitet ved test af i gennemsnit tre prøver/patient. Overordnet var positivitetsraten af de 169 prøver på 57,4% (92,2% pos fra prøver, der var mikroskopi/dyrkningspositive vs 33,3% i negative prøver).

Der er krydsreaktivitet mellem H. capsulatum PCR-analysen for prøver, der er stærkt positive for Blastomyces dermatitidis og Emergomyces arter (Wilmes, Mycoses 2023) hvorfor Blastomyces (hvis ønsket) kan svares negativ ud fra negativt Histoplasma PCR.

PCR:
1->1.000.000 genomkopier. Noget usikkerhed ved lave koncentrationer omkring detektionsgrænse.

PCR:
PCR baseret metode, der påviser både mitokondriel RNA og DNA. Target DNA/RNA påvises, og er specifik for de enkelte endemiske svampe.

Endemic fungi (PCRand/or culture)

220324001000000 Endemiske svampe DNA/RNA - Biopsi
220321000800000 Endemiske svampe DNA/RNA - Blod (EDTA-glas)
220321020000000 Endemiske svampe DNA/RNA - Spinalvæske
220324000000000 Endemiske svampe DNA/RNA - Væv
220322020000000 Endemiske svampe DNA/RNA - Pus
220326020000000 Endemiske svampe DNA/RNA - Væske
220326015000000 Endemiske svampe DNA/RNA - Bronkoalveolær lavage (BAL)
220322015500000 Endemiske svampe DNA/RNA - Bronkialsekret - bronkoskopisk ophentet

NPU17517 Syst(spec.)—Endemiske svampe; arb.k.(proc.) = ?

Bakterier, Parasitter & Svampe
Mykologisk & Parasitologisk Specialdiagnostik

T. 3268 8600
F. 3268 3033
@. afdmi@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-fredag kl. 8.00-15.00