Metagenomisk virusanalyse (R-nr. 2102)

Undersøgelse for tilstedeværelse af virus hos svært syge patienter, der er diagnostisk uafklarede trods udført rutinediagnostik med fx PCR-analyser.

Et af følgende prøvematerialer:

• EDTA-blod 5 mL (EDTA-blod foretrækkes til PCR-analyser, da virusmængden kan være nedsat i serum)
• Luftvejssekret herunder BAL: 0,5 mL uden tilsætning
• Urin 0,5-1 mL uden tilsætning
• Spinalvæske
• Diverse vævsprøver (vævsprøver indsendes i virus transportmedium VTM (UTM) eller 1-2 mL sterilt isotont saltvand)

Blanket nr. 2 "Virus" (blå kant).

Bestilling af analysen skal altid drøftes med vagthavende virolog, tlf. 4033 6379.

Prøven sendes samme dag. Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt. Prøven må ikke fryses.

Prøven sendes med almindelig post eller taxa ved hasteprøver (efter aftale på tlf.: 4033 6379).

Virus efterfulgt af specifikt virus navn.

Undersøgelsen udføres efter aftale.

Telefonisk svar afgives efter aftale (telefonnummer skal angives på rekvisitionen).

Analysen tager 5 dage og udføres én gang ugentligt, så svartid afhænger af modtagelsestidspunkt.

Påviste virus kan være årsag til sygdom, men der kan også være ikke-sygdomsrelaterede virus i prøven.

Hvis specifik virus mistænkes, anbefales også altid en eksisterende PCR-analyse for den/de specifikke virus foruden metagenomisk virusanalyse.

Der anføres ganske kort sygehistorie, med relevant information f.eks. vedr. immunsuppression, mistænkt fokus og gerne celletal i CSV på prøveindsendelsessedlen.

Tidligere lignende analyse: Pan-Virus array (R-nr. 2011).

Analysen udføres med NGS teknologi, som muliggør en meget præcis og sensitiv analyse af tilstedeværende virus i prøvematerialet. Forud for sekventering ekstraheres DNA/RNA fra prøvematerialet. Herefter fanges og opformeres alle virus gensekvenser ved hybridisering med prober, der dækker mere end 3000 human-relevante virusgenomer. Analysens styrke er, at alle tilstedeværende humanpatogene virus i prøven påvises og types med stor præcision. I nogle tilfælde opnås den komplette virus genomsekvens, dette kan dog ikke garanteres.

IVDR risikoklasse: C
In house komponent: Mastermix (primere og prober)
Internt reference nummer: R-nr. 2102
Komponenten opfylder generelle krav til sikkerhed og ydeevne.

SSI00249 Metagenomisk NGS

SSI00249 Metagenomisk NGS

Virologi & Mikrobiologisk Beredskab
Virus PCR

T. 3268 8600
F. 3268 3148
@. afdvmb@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-fredag kl. 8.00-15.00