Mykobakterier miljøundersøgelse (dyrkning, evt. mikroskopi, evt. PCR, evt. identifikation, evt. resistensbestemmelse, evt. genotypning) (R-nr. 177)

Indikation

Undersøgelse af non-humane miljøprøver for mykobakterier.

Vandprøver, eks. vandbeholdere, varme/køle udstyr og fugtere.

Podninger, eks. fra medicinsk udstyr. Det kan eks. dreje sig om flader, hvor der kan forefindes biofilm, som overflader der har været våde i lang tid eller podninger fra slange- og rørmundinger.

Mistanke om forurening af medicinsk udstyr med mykobakterier, fx Mycobacterium chimaera.

Prøverne dyrkes altid a.h.t. den øgede sensitivitet ved dyrkning, og a.h.t. evt. supplerende analyser, herunder genotypiske undersøgelser i forbindelse med udredning af kontaminations- og smitteveje.

Prøvemateriale, tidspunkt og evt. prøvetagning

ANBEFALET PRØVEMATERIALE - GENERELT
Tag gerne flere prøver. Send ikke prøver som skal deles på SSI. Prøvematerialet må ikke komme i kontakt med formalin eller sprit, da det ødelægger analysen.

VAND
Prøvemængde: 1 liter.
Prøvebeholder: Fyld en steril flaske uden tilsætning.
Transporttiden skal være så kort som mulig. Opbevares på køl indtil fremsendelse men behøver ikke transpoteres på køl.

PODNING
Prøvemateriale: Eks. fra medicinsk udstyr. Det kan eks. dreje sig om flader, hvor der kan forefindes biofilm, som overflader der har været våde i lang tid eller podninger fra slange- og rørmundinger.
Prøvemængde: Så meget som. Muligheden for at påvise mykobakterier stiger med prøvemængden.
Prøvebeholder: Helst eSwab med tilhørende plastrør, evt. steril vatpind med et par dråber sterilt vand/saltvand i sterilt rør.

Rekvirering

Blanket nr. 1 "Bakterier" (lys orange kant).

Alle rekvisitioner skal mærkes omhyggeligt med entydig identitet, prøvested, dato og tidspunkt.

Emballering, opbevaring og forsendelse

Prøven mærkes med entydig identitet, prøvested, dato, tidspunkt og etiket fra rekvisitionsblanketten. Prøven indesluttes i en robust beskyttelsesbeholder under forsendelsen.

Prøven sendes samme dag. Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt. Prøven beskyttes mod lys. Hvis prøven forventes at være undervejs i mere end 4 dage bør den fremsendes på køl.

Svar

Dyrkning: Resultatet gradueres som ingen vækst eller vækst af <speciesnavn> påvist. 

Mikroskopi (kun podning): Ingen, få, en del, eller mange syrefaste stave.

Evt. PCR: Se R-nr. 175 og R-nr. 145.

Evt. resistensbestemmelse: Se R-nr. 144.

Evt. helgenomsekventering: Efter nærmere aftale.

Svartid

Dyrkning/identifikation: Resultatet afsendes, så snart det foreligger: Ved positiv dyrkning som oftest efter ca. 3 uger og ved negativ dyrkning ca. 8 uger efter prøvens modtagelse.

Evt. PCR: R-nr. 145

Mikroskopi (kun podninger): Resultatet besvares når det foreligger, normalt 1-2 hverdage efter modtagelse.

Evt. resistensbestemmelse: Se R-nr. 144.

Evt. helgenomsekventering: Resultatet besvares når det foreligger.

Tolkning og reference-værdier/interval

Mykobakterier skal normalt ikke forefindes på/i medicinsk udstyr. Ved forekomst kan der være behov for disinfektion og yderligere kontrolforanstaltninger. Der henvises til vejledning fra hygiejneorganisationen.

Mikroskopi: Sensitiviteten er lavere end dyrkning og PCR. Negativ mikroskopi udelukker derfor ikke forekomst af mykobakterier. Specificiteten er høj for Mycobacterium genus. Positivt resultat viser tilstedeværelse af levende eller døde mykobakterier i prøven, men ikke arten.

Dyrkning: Sensitiviteten er høj, men negativt resultat udelukker ikke forekomst af mykobakterier. Sensitiviteten øges med prøvemængde og antallet af undersøgte prøver.

Artsbestemmelsen: Fund af mykobakterier er som udgangspunkt udtryk for forurening af udstyret. Art kan pege i retning af kontaminationens kilde.

Resistensbestemmelse: Se R-nr. 144.

Helgenomsekventering: Kan anvendes til udredning af kontaminations- og smitteveje.

Bemærkning

Referencer:

  • Achermann Y et al. Prosthetic valve endocarditis and bloodstream infection due to Mycobacterium chimaera. Journal of clinical microbiology. 2013 Jun;51(6):1769-73.
  • Sax H et al. Prolonged outbreak of Mycobacterium chimaera infection after open chest heart surgery. Clinical Infectious Diseases. 2015 March 11, 2015.
  • Public Health England. Draft Protocol for Environmental Sampling, Processing and Culturing of Water and Air samples for the Isolation of Slow Growing Mycobacteria 2015.

Undersøgelsens princip

Synonym

Mykobakterier, miljøprøve, vandprøve

Bestillingskode

SSI00177
190015000000000 Mycobacterium species Miljøundersøgelse - Podning
190017062000000 Mycobacterium species Miljøundersøgelse - Vandprøve

Svarkode

SSI00177

Pris

Artikel nr. Pris 2018
96846 (Mykobakterier standard miljøundersøgelser) 876,00
96847 (tillæg vandbehandling) (ikke podning) 423,00
39356 (tillæg artsbestemmelse) (kun positive)  1.841,00
96849 (tillæg helgenomsekventering) (kun på anmodning) 3.495,00

Tillæg PCR, se R-nr. 145 og R-nr. 175 (kun på anmodning)

Tillæg resistensbestemmelse, se R-nr. 144 (kun på anmodning)

Henvendelse

Tuberkulose og Mykobakterier

T. 3268 3731
@. tuberkulose@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00