Mykobakterier miljøundersøgelse (dyrkning, evt. mikroskopi, evt. PCR, evt. identifikation, evt. resistensbestemmelse, evt. genotypning) (R-nr. 177)

Undersøgelse af non-humane miljøprøver for mykobakterier.

Vandprøver, eks. vandbeholdere, varme/køle udstyr og fugtere.

Podninger, eks. fra medicinsk udstyr. Det kan eks. dreje sig om flader, hvor der kan forefindes biofilm, som overflader der har været våde i lang tid eller podninger fra slange- og rørmundinger.

Mistanke om forurening af medicinsk udstyr med mykobakterier, fx Mycobacterium chimaera.

Prøverne dyrkes altid a.h.t. den øgede sensitivitet ved dyrkning, og a.h.t. evt. supplerende analyser, herunder genotypiske undersøgelser i forbindelse med udredning af kontaminations- og smitteveje.

ANBEFALET PRØVEMATERIALE - GENERELT
Tag gerne flere prøver. Send ikke prøver som skal deles på SSI. Prøvematerialet må ikke komme i kontakt med formalin eller sprit, da det ødelægger analysen.

VAND
Prøvemængde: 1 liter.
Prøvebeholder: Fyld en steril flaske uden tilsætning.
Transporttiden skal være så kort som mulig. Opbevares på køl indtil fremsendelse men behøver ikke transporteres på køl.

PODNING
Prøvemateriale: Eks. fra medicinsk udstyr. Det kan eks. dreje sig om flader, hvor der kan forefindes biofilm, som overflader der har været våde i lang tid eller podninger fra slange- og rørmundinger.
Prøvemængde: Så meget som muligt. Muligheden for at påvise mykobakterier stiger med prøvemængden.
Prøvebeholder: Helst eSwab med tilhørende plastrør, evt. steril vatpind med et par dråber sterilt vand/saltvand i sterilt rør.

Blanket nr. 1 "Bakterier" (lys orange kant).

Alle rekvisitioner skal mærkes omhyggeligt med entydig identitet, prøvested, dato og tidspunkt.

Prøven mærkes med entydig identitet, prøvested, dato, tidspunkt og etiket fra rekvisitionsblanketten. Prøven indesluttes i en robust beskyttelsesbeholder under forsendelsen.

Prøven sendes samme dag. Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt. Prøven beskyttes mod lys. Hvis prøven forventes at være undervejs i mere end 4 dage bør den fremsendes på køl.

Dyrkning: Resultatet gradueres som ingen vækst eller vækst af <speciesnavn> påvist. 

Mikroskopi (kun podning): Ingen, få, en del, eller mange syrefaste stave.

Evt. PCR: R-nr. 145.

Evt. resistensbestemmelse: Se R-nr. 144.

Evt. helgenomsekventering: Efter nærmere aftale.

Dyrkning/identifikation: Resultatet afsendes, så snart det foreligger: Ved positiv dyrkning som oftest efter ca. 3 uger og ved negativ dyrkning ca. 8 uger efter prøvens modtagelse.

Evt. PCR: R-nr. 145. 

Mikroskopi (kun podninger): Resultatet besvares når det foreligger, normalt 1-2 hverdage efter modtagelse.

Evt. resistensbestemmelse: Se R-nr. 144.

Evt. helgenomsekventering: Resultatet besvares når det foreligger.

Mykobakterier skal normalt ikke forefindes på/i medicinsk udstyr. Ved forekomst kan der være behov for desinfektion og yderligere kontrolforanstaltninger. Der henvises til vejledning fra hygiejneorganisationen.

Mikroskopi: Sensitiviteten er lavere end dyrkning og PCR. Negativ mikroskopi udelukker derfor ikke forekomst af mykobakterier. Specificiteten er høj for Mycobacterium genus. Positivt resultat viser tilstedeværelse af levende eller døde mykobakterier i prøven, men ikke arten.

Dyrkning: Udføres normalt ikke på miljøprøver. Sensitiviteten er lavere end dyrkning. 

Artsbestemmelsen: Fund af mykobakterier er som udgangspunkt udtryk for forurening af udstyret. Art kan pege i retning af kontaminationens kilde.

Resistensbestemmelse: Se R-nr. 144.

Helgenomsekventering: Kan anvendes til udredning af kontaminations- og smitteveje.

Referencer:

• Achermann Y et al. Prosthetic valve endocarditis and bloodstream infection due to Mycobacterium chimaera. Journal of Clinical Microbiology. 2013 Jun;51(6):1769-73.
• Sax H et al. Prolonged outbreak of Mycobacterium chimaera infection after open chest heart surgery. Clinical Infectious Diseases. 2015 March 11, 2015.
• Public Health England. Draft Protocol for Environmental Sampling, Processing and Culturing of Water and Air samples for the Isolation of Slow Growing Mycobacteria 2015.

• Mycobacterium tuberculosis kompleks DNA (PCR) ekstraundersøgelse & standardundersøgelse (R-nr. 145)

Se R-nr. 144, R-nr. 145.

Mykobakterier, miljøprøve, vandprøve

SSI00177
190015000000000 Mycobacterium species Miljøundersøgelse - Podning
190017062000000 Mycobacterium species Miljøundersøgelse - Vandprøve

SSI00177

Tillæg PCR, se R-nr. 145

Tillæg resistensbestemmelse, se R-nr. 144 (kun på anmodning)

Tuberkulose & Mykobakterier

T. 3268 3731 & 5170 3054
@. tuberkulose@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-fredag kl. 8.00-20.00
Lørdag kl. 9.00-14.00