Katrine Grimstrup Joensen

Katrine Grimstrup Joensen

Kontakt

Katrine Grimstrup Joensen, Akademisk medarbejder, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32688965 @. knj@ssi.dk

Forskningsområder

Forskning med henblik på udvikling af Next-generation sekvensering (NGS)-baseret overvågning og udbrudsdetektion indenfor fødevarebårne, patogene bakterier. Herunder primært ved analyse af data fra helgenomsekvensering (WGS) af Campylobacter, men ydermere med WGS-projekter omhandlende Shiga toxin-producerende E. coli (STEC), samt C. difficile.

PubMed link

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=joensen-kg

Ansvarsområder

  • Udvikling og implementering af helgenomsekvenserings (WGS) -baserede typningsmetoder til brug i den nationale overvågning af fødevarebårne patogene bakterier 
    • primært indenfor Campylobacter, STEC, (C. difficile

  • Udvikling, implementering og vedligeholdelse af databaser til ekstrahering af genetiske markører, såsom virulensgener, serotype-specifikke gener, og resistensmarkører, til overvågningsbrug
  • Påvisning og eftersporing af fødevarebårne udbrud
    • indenfor STEC, Listeria og Campylobacter

Publikationer

  • Joensen KG, Tetzschner AM, Iguchi A, Aarestrup FM, Scheutz F. Rapid and Easy In Silico Serotyping of Escherichia coli Isolates by Use of Whole-Genome Sequencing Data. J Clin Microbiol. 2015 Aug;53(8):2410-26. doi:10.1128/JCM.00008-15. Epub 2015 May 13. 
  • Joensen KG, Kuhn KG, Müller L, Björkman JT, Torpdahl M, Engberg J, Holt HM, Nielsen HL, Petersen AM, Ethelberg S, Nielsen EM. Whole-genome sequencing of Campylobacter jejuni isolated from Danish routine human stool samples reveals surprising degree of clustering. Clin Microbiol Infect. 2018Feb;24(2):201.e5-201.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2017.07.026. 
  • Joensen KG, Engsbro ALØ, Lukjancenko O, Kaas RS, Lund O, Westh H, AarestrupFM. Evaluating next-generation sequencing for direct clinical diagnostics in diarrhoeal disease. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017 Jul;36(7):1325-1338.doi: 10.1007/s10096-017-2947-2. 
  • Joensen KG, Scheutz F, Lund O, Hasman H, Kaas RS, Nielsen EM, Aarestrup FM. Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic Escherichia coli. J Clin Microbiol. 2014May;52(5):1501-10. doi: 10.1128/JCM.03617-13. Epub 2014 Feb 26. 
  • Zschach H, Joensen KG, Lindhard B, Lund O, Goderdzishvili M, Chkonia I, JgentiG, Kvatadze N, Alavidze Z, Kutter EM, Hasman H, Larsen MV. What Can We Learn froma Metagenomic Analysis of a Georgian acteriophage Cocktail? Viruses. 2015 Dec12;7(12):6570-89. doi: 10.3390/v7122958.