Forskning i Mikrobiom

På SSI forsker vi i at optimere kortlægningen af mikrober (bakterier, parasitter og svampe (mikrobiomet)) i kliniske og ikke-kliniske prøver på DNA-niveau.

Senest redigeret den 19. maj 2026

Fokusområder og formål

Vores mikrobiom-platform (med bestillingsnummer R1008) anvendes til at få så udtømmende et billede som muligt af de bakterier, parasitter og svampe der måtte være i en given prøve. Denne platform er baseret på Next Generation Sequencing-teknologi og et software der sætter navn på alle de DNA-sekvenser, der opstår ved brug af platformen på de prøver der ønskes undersøgt.

Teknologien anvendes hovedsageligt til:

Påvisning af sygdomsfremkaldende organismer i normalt sterile prøver (fx vævsbiopsi, rygmarvsvæske, ledvæske eller blod) eller fødevare- og miljøprøver (fx vandprøver fra svømmehaller eller produktionsvand)
Kortlægning af tarmflora og -fauna i afføringsprøver (dvs. belysning af artsrigdom og mikrobiel diversitet i afføringsprøver).

Links til udvalgte publikationer

Stensvold CR, Fredman G, Porskrog A, Helleberg M. Travelers Returning to Denmark with Hypereosinophilia and Ancylostoma Infections Detected Using Broad-Specificity Amplicon-Based Next-Generation Sequencing. Am J Trop Med Hyg. 2026 May 7:tpmd260058. doi: 10.4269/ajtmh.26-0058. Online ahead of print.PMID: 42097134
Skarpengland T, Tveita AA, Berntsen CF, Christensen EE, Macpherson ME, Stiksrud B, Hermansen NO, Niehusmann P, Oldereid TS, Stjernstrøm E, Brekke H, Nielsen HV, Pettersen FOD. Neurosarcocystosis in Patient with HIV-Induced Immunodeficiency. Emerg Infect Dis. 2025 Mar;31(3):617-619. doi: 10.3201/eid3103.241361. PMID: 40023823 Free PMC article.
Stensvold CR, Nielsen M, Baraka V, Lood R, Fuursted K, Nielsen HV. Entamoeba gingivalis: epidemiology, genetic diversity and association with oral microbiota signatures in North Eastern Tanzania. J Oral Microbiol. 2021 May 19;13(1):1924598. doi: 10.1080/20002297.2021.1924598. PubMed PMID: 34104347; PubMed Central PMCID: PMC8143617.
Krogsgaard LR, Andersen LO', Johannesen TB, Engsbro AL, Stensvold CR, et al. Characteristics of the bacterial microbiome in association with common intestinal parasites in irritable bowel syndrome. Clin Transl Gastroenterol. 2018 Jun 19;9(6):161. PubMed PMID: 29915224; PubMed Central PMCID: PMC6006308.Ring HC, Thorsen J, Saunte DM, Lilje B, Bay L, Riis PT, Larsen N, Andersen LO, Nielsen HV, Miller IM, Bjarnsholt T, Fuursted K, Jemec GB. The Follicular Skin Microbiome in Patients With Hidradenitis Suppurativa and Healthy Controls. JAMA Dermatol. 2017 Sep 1;153(9):897-905. doi: 10.1001/jamadermatol.2017.0904.

Forskningsprojekter

Sammenhænge mellem almindeligt forekommende tarmparasitter og tarmbakterier

Enkelte tarmparasitter synes at være almindeligt forekommende hos personer uden mave-/tarm-symptomer. Vi har på SSI været med til at vise, disse tarmparasitter kan ses som indikatorer for en sund tarmflora. Det primære spørgsmål vi søger svar på i denne forbindelse er, om disse parasitter kun er indikatorer, eller om de aktivt kan påvirke tarmfloraen i en sund retning.
Derudover deltager vi i en række forsknings og udviklingsprojekter hvor vores NGS baserede metode har vist sig velegnet til at kortlægge tilstedeværelsen af mikroorganismer (bakterier, svampe, parasitter – samt andre eukaryote organismer så som planter m.m.).