Forskning i Mikrobiom

På SSI forsker vi i at optimere kortlægningen af mikrober (bakterier, parasitter og svampe (mikrobiomet)) i kliniske og ikke-kliniske prøver på DNA-niveau.

Fokusområder og formål

Vor mikrobiom-platform (R1008) anvendes til at få så udtømmende et billede som muligt at de bakterier, parasitter og svampe der måtte være i en given prøve. Denne platform er baseret på NGS-teknologi og et software der sætter navn på alle de DNA-sekvenser, der opstår ved brug af platformen på de prøver der ønskes undersøgt. Teknologien anvendes hovedsageligt til

  1. Påvisning af sygdomsfremkaldende organismer i normalt sterile prøver (fx rygmarvsvæske, ledvæske eller blod) eller fødevare- og miljøprøver (fx vandprøver fra svømmehaller eller produktionsvand)
  2. Kortlægning af tarm-flora og –fauna (dvs belysning af artsrigdom og diversitet i afføringsprøver).

Links til udvalgte publikationer 

  • Krogsgaard LR, Andersen LO', Johannesen TB, Engsbro AL, Stensvold CR, et al. Characteristics of the bacterial microbiome in association with common intestinal parasites in irritable bowel syndrome. Clin Transl Gastroenterol. 2018 Jun 19;9(6):161. PubMed PMID: 29915224; PubMed Central PMCID: PMC6006308.
  • The Follicular Skin Microbiome in Patients With Hidradenitis Suppurativa and Healthy Controls. Ring HC, Thorsen J, Saunte DM, Lilje B, Bay L, Riis PT, Larsen N, Andersen LO, Nielsen HV, Miller IM, Bjarnsholt T, Fuursted K, Jemec GB. JAMA Dermatol. 2017 Sep 1;153(9):897-905. doi: 10.1001/jamadermatol.2017.0904.

Forskningsprojekter

Indvirkning af metronidazol-behandling på tarmflora

Afføringsprøver indsamlet under et randomiseret klinisk kontrolleret forsøg vedr. behandlingseffekt af metronidazol på Dientamoeba-positive børn med ondt i maven anvendes nu til at undersøge de ændringer der måtte opstå i tarmfloraen over tid under og efter endt metronidazol-behandling. De observerede ændringer vil blive sammenholdt med oplysninger om klinisk bedring eller forværring under og efter behandling.

Anvendelse af mikrobiom-analyse til diagnostik af infektiøs hornhindebetændelse

Infektiøs hornhindebetændelse kan skyldes infektion med bakterier, svampe eller parasitter (samt virus som dog ikke er omfattet af vores mikrobiom analyse). Over årene har vi i Parasitologisk Laboratorium modtaget hundreder af hornhindeskrab til testning for Acanthamoeba som er en kendt årsag til hornhindebetændelse hos især kontaktlinsebærere. Men mange af prøverne er negative, og her skyldes infektionen måske svampe eller bakterier. Vi tester hvor relevant mikrobiom-platformen er i forhold til screening for disse tre typer af mikroorganismer.

Kortlægningen af tarm-mikrobiom hos grønlandske moskusokser

Vi kortlægger tarm-mikrobiom hos grønlandske moskusokser fra forskellige dele af Grønland hvor prøveindsamling er sket både sommer og vinter. En del af de DNA sekvenser vi genererer kan ikke mappes til eksisterende data i referencedatabaserne. Vi arbejde på at finde ud af, dels hvad disse sekvenser dækker over, dels at identificere sammenhænge mellem geografi, årstid og mikrobiom-signaturer indenfor såvel bakterier, svampe og parasitter.

Indvirkning af probiotika på tarmflora og –fauna hos overvægtige gravide

I samarbejde med forskere fra Hvidovre Hospital udfører vi et studie hvor vi undersøger hvilken indvirkning probiotika har på bl.a. vægt og tarmflora og –fauna hos overvægtige gravide. 

Henrik Vedel Nielsen

Kontakt

Henrik Vedel Nielsen, Sektionsleder, Bakterier, parasitter og svampe / Bakt., Mykol. & Parasit. specialdiagnos.
T. 32683995 @. hvn@ssi.dk Se profil

Kurt Fuursted

Kontakt

Kurt Fuursted, Sektionsleder, Bakterier, parasitter og svampe / Kli. bakt. reference, hæmophilus, kighos
T. 32683719 @. kfu@ssi.dk Se profil

Rune Stensvold

Kontakt

Rune Stensvold, Akademisk medarbejder, Bakterier, parasitter og svampe / Parasitforskning
T. 32688224 @. run@ssi.dk Se profil

Lee O'Brien Andersen

Kontakt

Lee O'Brien Andersen, Akademisk medarbejder, Bakterier, parasitter og svampe / Parasitforskning
T. 32688559 @. obi@ssi.dk Se profil