Forskning i diagnostik og karakterisering

Fokusområder og formål

Virus forskning og udviklings laboratoriet (ViFU) udvikler nye genbaserede diagnostiske metoder til fremtidens diagnostik, fx PCR-lignende hurtigmetoder (Lamp) til point-of-care diagnostik samt fx metagenomisk Microarray, der nemt påviser alle virus i en patientprøve og fuld genom-sekvensering kaldet Next Generation Sequencing (NGS) eller whole genome sequencing (WGS) til yderligere karakterisering af de fundne virus. Formålet med virus genetiske undersøgelser er løbende at forbedre påvisning og diagnostik af virus i dyr og mennesker til diagnostik og overvågning af nye virus trusler.

Links til udvalgte publikationer

Rapid Bedside Inactivation of Ebola Virus for Safe Nucleic Acid Tests. Rosenstierne MW, Karlberg H, Bragstad K, Lindegren G, Stoltz ML, Salata C, Kran AM, Dudman SG, Mirazimi A, Fomsgaard A. J Clin Microbiol. 2016 Oct;54(10):2521-9. doi: 10.1128/JCM.00346-16. Epub 2016 Jul 27. PMID:27466385

The microbial detection array for detection of emerging viruses in clinical samples--a useful panmicrobial diagnostic tool. Rosenstierne MW, McLoughlin KS, Olesen ML, Papa A, Gardner SN, Engler O, Plumet S, Mirazimi A, Weidmann M, Niedrig M, Fomsgaard A, Erlandsson L.PLoS One. 2014 Jun 25;9(6):e100813. doi: 10.1371/journal.pone.0100813. eCollection 2014.PMID:24963710

Rapid, Safe, and Simple Manual Bedside Nucleic Acid Extraction for the Detection of Virus in Whole Blood Samples. - PubMed - NCBI. Rosenstierne MW, Jensen CE, Fomsgaard A. J Vis Exp. 2018 Jun 30;(136). doi: 10.3791/58001. 

Forskningsprojekter

NGS analyser af HIV-1 genomet

I HIV-1 inficerede patienter udvikler virus sig meget hurtigt for at undgå værtens immunitet og udvikler let resistens imod antiretrovirale midler. Derudover kan blandingsinfektioner med forskellige subtyper af HIV-1 føre til fremkomsten og spredningen af nye rekombinante former for HIV-1. NGS teknologien har muliggjort en langt mere detaljeret karakterisering af disse evolutionære aspekter i HIV-1 tilpasning til værten. I ViFu udvikles der derfor metoder på forskellige NGS baserede platforme til at underøge og karakterisere disse processer.

MAD-VIR (OneHealth European Joint programme)

I ViFu har vi udviklet et metagenomisk PanVirus microarray der kan detekterer alle virus fra alle specier (dyr, mennesker, fisk insekter, flåter m.m.). I et europæiske samarbejde implementerer vi denne PanVirus microarray detektions metode i 3 EU-lande (Polen, Spanien og UK). PanVirus microarray metoden skal bruges til overvågning og diagnostik af virusinfektioner i dyr, mennesker, fisk insekter, flåter m.m.

EbolaMoDRAD (Ebola Virus: Modern Approaches for developing bedside Rapid Diagnostics)

I ViFu arbejder vi med at udvikle genbaserede Point-of-care tests til fremtidens diagnostik. Vi har bl.a. udviklet en bedside inaktiveringsmetode til inaktivering af Ebola virus og andre BSL-4/3 virus og kombineret med point-of-care nucleinsyre extraktion, og LAMP test kan vi lave Ebola diagnostik på under 1 time. 

Samarbejdspartnere 

• UNISEC, TRANSVAC-2, FLUNISEC: EU projekter til forskning og udvikling af nye universelle influenza vaccine
• EVDlabNet – European network for diagnostics of imported viral diseases
• EbolaMoDRAD - Ebola Virus: Modern Approaches for developing bedside Rapid Diagnostics
• OneHealthEJP – OneHealth European Joint programme
• MAD-Vir - Metagenomic Array Detection of emerging Virus in EU