Madeleine Ernst

Forskning

Jeg er leder for Metabolomics Forskning, som hører under Klinisk Massespektrometri, Dansk Center for Neonatal Screening, i afdelingen for Medfødte Sygdomme. Vores gruppe sigter efter at udvikle populationsbaserede massespektrometriske metabolomics-metoder til brug i prædiktiv, personlig og forebyggende diagnostik i nyfødte, hovedsageligt ved brug af prøver fra Danmarks Nationale Biobank. Vores mål er at kortlægge metaboliske markøre for helbredtilstande og sygdomme i nyfødte, ved brug af metabolomics-metoder på filterpapirprøver fra den neonatale screening. Ydermere sigter vi efter at studere effekten af præ- og postnatale eksponeringers fremtidige sundhedsmæssige konsekvenser. Vores gruppe arbejder tæt sammen med både nationale og internationale forskningsgrupper, universiteter og Centers of Excellence, i krydsfeltet mellem personlig medicin, metabolomics, mikrobiomet og registerbaseret forskning og epidemiologi. Vores samarbejdspartnere inkluderer PREDICT, iPSYCH, COPSAC, Rigshospitalet mfl.

Uddannelse

Før jeg startede på Statens Serum Institut, havde jeg en postdocposition ved professor Pieter Dorrestein’s laboratorie ved University of California i San Diego. Her deltog jeg i diverse forskningsprojekter indenfor computationel metabolomics. Blandt andet undersøgte jeg hvordan alsidige metabolomics data mining-værktøjer, såsom de massespektrometriske molekylære netværksværktøjer GNPS og MS2LDA, kan forbedre den kemiske strukturelle information som findes i metabolomics-eksperimenter. Jeg tog min ph.d. i plantekemisk diversitet og evolution gennem Marie Curie Initial Training Network MedPlant ved Københavns Universitet i Danmark. Min fascination med små molekyler startede da jeg arbejdede i naturlig produktkemi. Under min MSc i professor Norberto Peporine Lopes’ gruppe ved University of São Paulo i Ribeirão Preto, Brasilien, undersøgte jeg metabolomics-metoder baseret på MALDI-MS (matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry) til brug i taksonomisk klassifikation af alsidige plantefamilier i et biodiverst hotspot i den brasilianske savanne.

Google Scholar

• Madeleine Ernst

Ansvarsområder

Mine ansvarsområder som gruppeleder dækker ledelse af udviklingen af nye computationelle metabolomics-metoder, til brug af analyse af store populations-baserede LC-MS/MS metabolomics-kohorter, samt supervision af den analytiske metodeudvikling. Jeg gennemgår og sikrer høj datakvalitet, høj throughput metabolitannotation og biologiske fortolkninger af data.

Udvalgte publikationer

• Madeleine Ernst, Simon Rogers, Ulrik Lausten-Thomsen, Anders Björkbom, Susan Svane Laursen, Julie Courraud, Anders Børglum, Merete Nordentoft, Thomas Werge, Preben Bo Mortensen, David M. Hougaard & Arieh S. Cohen. Gestational age-dependent development of the neonatal metabolome. Pediatric Research 89/2020, 1396-1404.
• Madeleine Ernst, Kyo Bin Kang, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Louis-Félix Nothias, Joe Wandy, Christopher Chen, Ming Wang, Simon Rogers, Marnix H. Medema, Pieter C. Dorrestein, Justin J.J. van der Hooft. MolNetEnhancer: Enhanced Molecular Networks by Integrating Metabolome Mining and Annotation Tools. Metabolites 9/2019, 144.
• Louis-Félix Nothias, Daniel Petras, Robin Schmid, Kai Dührkop, Johannes Rainer, Abinesh Sarvepalli, Ivan Protsyuk, Madeleine Ernst, Hiroshi Tsugawa, et al. Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment. Nature Methods 17/2020:905-908.
• Anupriya Tripathi, Yoshiki Vázquez-Baeza, Julia M. Gauglitz, Mingxun Wang, Kai Dührkop, Mélissa Nothias-Esposito, Deepa D. Acharya, Madeleine Ernst, Justin J. J. van der Hooft, Qiyun Zhu, Daniel McDonald, Asker D. Brejnrod, Antonio Gonzalez, Jo Handelsman, Markus Fleischauer, Marcus Ludwig, Sebastian Böcker, Louis-Félix Nothias, Rob Knight & Pieter C. Dorrestein. Chemically informed analyses of metabolomics mass spectrometry data with Qemistree. Nature Chemical Biology 17/2021:146-151.
• Mingxun Wang, Alan K. Jarmusch, Fernando Vargas, Alexander A. Aksenov, Julia M. Gauglitz, Kelly Weldon, Daniel Petras, Ricardo da Silva, Robert Quinn, Alexey V. Melnik, Justin J. J. van der Hooft, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, Louis Felix Nothias, Christine M. Aceves, Morgan Panitchpakdi, Elizabeth Brown, Francesca Di Ottavio, Nicole Sikora, Emmanuel O. Elijah, Lara Labarta-Bajo, Emily C. Gentry, Shabnam Shalapour, Kathleen E. Kyle, Sara P. Puckett, Jeramie D. Watrous, Carolina S. Carpenter, Amina Bouslimani, Madeleine Ernst, Austin D. Swafford, Elina I. Zúñiga, Marcy J. Balunas, Jonathan L. Klassen, Rohit Loomba, Rob Knight, Nuno Bandeira & Pieter C. Dorrestein. Mass spectrometry searches using MASST. Nature Biotechnology 38/2020: 23-26.
• Alan K. Jarmusch, Mingxun Wang, Christine M. Aceves, Rohit S. Advani, Shaden Aguirre, Alexander A. Aksenov, Gajender Aleti, Allegra T. Aron, Anelize Bauermeister, Sanjana Bolleddu, Amina Bouslimani, Andres Mauricio Caraballo Rodriguez, Rama Chaar, Roxana Coras, Emmanuel O. Elijah, Madeleine Ernst, Julia M. Gauglitz, Emily C. Gentry, Makhai Husband, Scott A. Jarmusch, Kenneth L. Jones II, Zdenek Kamenik, Audrey Le Gouellec, Aileen Lu, Laura-Isobel McCall, Kerry L. McPhail, Michael J. Meehan, Alexey V. Melnik, Riya C. Menezes, Yessica Alejandra Montoya Giraldo, Ngoc Hung Nguyen, Louis Felix Nothias, Mélissa Nothias-Esposito, Morgan Panitchpakdi, Daniel Petras, Robert A. Quinn, Nicole Sikora, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Alison Vrbanac, Kelly C. Weldon, Rob Knight, Nuno Bandeira & Pieter C. Dorrestein. ReDU: a framework to find and reanalyze public mass spectrometry data. Nature Methods 17/2020: 901–904.
• Simon Rogers, Cher Wei Ong, Joe Wandy, Madeleine Ernst, Lars Ridder and Justin J. J. van der Hooft. Deciphering complex metabolite mixtures by unsupervised and supervised substructure discovery and semi-automated annotation from MS/MS spectra. Faraday Discussions 218/2019: 284-302.
• Laura-Isobel McCall, Chris Callewaert, Qiyun Zhu, Se Jin Song, Amina Bouslimani, Jeremiah J. Minich, Madeleine Ernst, Jean F. Ruiz-Calderon, Humberto Cavallin, Henrique S. Pereira, Atila Novoselac, Jean Hernandez, Rafael Rios, OraLee H. Branch, Martin J. Blaser, Luciana C. Paulino, Pieter C. Dorrestein, Rob Knight & Maria G. Dominguez-Bello. Home chemical and microbial transitions across urbanization. Nature Microbiology 5/2020: 108-115.