Referencelaboratorium for Escherichia, Shigella og Klebsiella

Referencelaboratoriet er organisatorisk en del af sektion for fødevarebårne infektioner (Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe), som også er koordinator for EU Reference Laboratory for Public Health on Food- and Water-borne Bacteria, EURL-PH-FWDB (www.eurl-ph-fwdb.dk).

Undersøgelser

• Serotypning af Escherichia coli: Komplet karakterisering af bakteriens somatiske (O-), svingtråds- (H-) og kapsel- (K-) antigener.
• Serotypning af Shigella: Typning af bakteriens overflade (O-) antigen. 
• Serotypning af Klebsiella: Karakterisering af bakteriens kapsel- (K-) antigen.
• Virulenskarakterisering: Påvisning af relevante virulensfaktorer (adhæsiner, toksiner mv.) ved hjælp af DNA teknikker og inokulation i cellekulturer. Endvidere produktion af Shiga toksin og enzymet β-glucuronidase, samt udvalgte biokemiske reaktioner.
• Helgenomsekvensering af E. coli, Shigella og Klebsiella med det formål, at finde genetiske ligheder ved hjælp af bioinformatiske redskaber. Sammenligningerne er primært rettet mod identifikation af udbrud med STEC.

De fleste rutineundersøgelser er akkrediterede af DANAK efter ISO 17025.

Undersøgelserne giver svar på, hvilken af følgende patogene E. coli grupper et indsendt isolat tilhører:

• STEC: Shiga toksinproducerende E. coli (også kaldt Verotoksinproducerende E. coli (STEC)
• AEEC: Attaching and Effacing E. coli (eae positiv, ikke klassisk EPEC) 
• EPEC: Enteropatogene E. coli. (Klassiske og nye O:H serotyper)
• EIEC: Enteroinvasive E. coli
• ETEC: Enterotoksigene E. coli. Herunder også isolater, der kun er positive for astA
• EAEC: Enteroaggregative E. coli
• DAEC: Diffusely Adherent E. coli
• ExPEC: Ekstraintestinale Patogene E. coli
• UPEC: Urinvejspatogene E. coli 

Ikke akkrediterede undersøgelser omfatter: 

• Subtypning af generne for Shiga toksin (stx), som er en del af helgenomsekvenseringen.

Referencefunktioner

Teknisk ekspertise

Afklaring af bakteriernes virulens, smitteveje i produktionsmiljø, fx ved løbende overvågning, som led i kvalitetskontrol og i konkrete situationer, hvor uønsket smitteoverførsel kan have fundet sted.

Rådgivning

Afsnittet deltager gerne aktivt med rådgivning i forbindelse med udredning af mulige smitteveje og vurdering af deres relevans. Det har sjældent værdi kun at undersøge enkeltstående bakteriekulturer. Undersøgelsen prissættes individuelt og udføres kun efter aftale.

Kvalitetsprogrammer

Laboratoriet organiserer europæiske og internationale External Quality Assessments (EQA) vedrørende typning af tarmpatogene bakterier. Desuden tilbyder laboratoriet EQA’er, som er tilpasset danske forhold, til de klinisk mikrobiologiske afdelinger i Danmark.

EQA-rapporterne kan findes her: EQAs in FWD-Net og External quality assessment (EQA) schemes and Ring-trials
 

Links

• Pathogenicity assessment of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and the public health risk posed by contamination of food with STEC 
• Zoonoses Annual Report
• Joint JEMRA FAO/WHO Report, 2018: Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and food: attribution, characterization, and monitoring
• Standard Operation Procedures for O & H serotyping and reference strains (pdf)
• Stx detection & subtyping protocol (pdf)
• Vero cytotoxin producing Escherichia coli (VTEC) isolated from Danish patients (pdf)