Referencelaboratorium for Escherichia, shigella og Klebsiella

Laboratoriet er det Nationale Referencelaboratorium for typning af Escherichia (herunder E. coli), shigella og Klebsiella. Centeret indsamler overvågningsdata til nationale og internationale myndigheder. Centeret koordinerer typning og deltager i forskningsprojekter i ind- og udland, samt rådgiver vedrørende detektion og typning.

Indledning

Laboratoriet fungerer som ECDC’s mikrobiologiske støttelaboratorium og organiserer eksterne kvalitetsprogrammer (EQA) i samarbejde med European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) i Stockholm, European Union Reference Laboratory (EU-RL-VTEC) for Escherichia coli, including Shiga toxin-producing E. coli (STEC), Istituto Superiore di Sanità (ISS) i Rom, Global Foodborne Disease Network (GFN) og WHO’s Department of Food Safety and Zoonoses (FOS) i Genève.

Undersøgelser

  • Serotypning af Escherichia coli: Komplet karakterisering af bakteriens somatiske (O-), svingtråds- (H-) og kapsel- (K-) antigener.
  • Serotypning af shigella: Typning af bakteriens overflade (O-) antigen. 
  • Serotypning af Klebsiella: Karakterisering af bakteriens kapsel- (K-) antigen.
  • Virulenskarakterisering: Påvisning af relevante virulensfaktorer (adhæsiner, toksiner mv.) ved hjælp af DNA teknikker og inokulation i cellekulturer. Endvidere produktion af Shiga toksin og enzymet β-glucuronidase, samt udvalgte biokemiske reaktioner.
  • Helgenomsekvensering af E. coli og shigella med det formål, at finde genetiske ligheder ved hjælp af bioinformatiske redskaber. Sammenligningerne er primært rettet mod identifikation af udbrud med STEC.

De fleste rutineundersøgelser er akkrediterede af DANAK efter ISO 17025.

Undersøgelserne giver svar på, hvilken af følgende patogene E. coli grupper et indsendt isolat tilhører:

  • STEC: Shiga toksinproducerende E. coli (også kaldt Verotoksinproducerende E. coli (STEC)
  • AEEC: Attaching and Effacing E. coli (eae positiv, ikke klassisk EPEC) 
  • EPEC: Enteropatogene E. coli. (Klassiske og nye O:H serotyper); en opdateret liste kan altid fås ved henvendelse til fagchef Flemming Scheutz
  • EIEC: Enteroinvasive E. coli
  • ETEC: Enterotoksigene E. coli. Herunder også isolater, der kun er positive for astA
  • EAEC: Enteroaggregative E. coli
  • DAEC: Diffusely Adherent E. coli
  • ExPEC: Ekstraintestinale Patogene E. coli
  • UPEC: Urinvejspatogene E. coli 

Ikke akkrediterede undersøgelser omfatter: 

  • Subtypning af generne for Shiga toksin (stx), som er en del af helgenomsekvenseringen.

Referencefunktioner

Teknisk ekspertise

Afklaring af bakteriernes virulens, smitteveje i produktionsmiljø, fx ved løbende overvågning, som led i kvalitetskontrol og i konkrete situationer, hvor uønsket smitteoverførsel kan have fundet sted.

Rådgivning

Afsnittet deltager gerne aktivt med rådgivning i forbindelse med udredning af mulige smitteveje og vurdering af deres relevans (evt. HACCP). Det har sjældent værdi kun at undersøge enkeltstående bakteriekulturer. Undersøgelsen prissættes individuelt og udføres kun efter aftale.

Rapportering

Zoonoses Annual Report (Zoonose rapporten indeholder data for STEC overvågning)
STEC er en individuelt anmeldelsespligtig sygdom og rapporteres ugentligt i EPI-NYT
STEC er beskrevet i årsoversigter over de zoonotiske tarminfektioner i EPI-NYT 
Der udarbejdes med mellemrum oversigter til EPI-NYT over de diarréfremkaldende E. coli (DEC) grupper, sidste gang i 2014

Netværk

Danmark

Det danske E. coli netværk, der indeholder alle danske klinisk mikrobiologiske afdelinger

Internationalt

  • International Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella
  • Food and Waterborne Diseases (FWD)-ECDC: Flemming Scheutz er kontaktpunkt for samarbejdet med ECDC
  • WHO Food Safety and Global Foodborne Disease Network (GFN): Samarbejde om External Quality Assurance (EQA) programmer
  • Flemming Scheutz er medlem af The International VTEC Symposium Steering Committee (IVSSC) 10th International Symposium on Shiga Toxin (Verocytotoxin) - Producing Escherichia coli Infections. Kongresserne afholdes hvert tredje år. Den næste bliver VTEC2021 i Banff, Canada
  • Konsulent for Community Reference Laboratories (CRL) network, EU's netværk for Food and Feed på veterinærsiden
  • Ekstern ekspert for European Food Safety Authority (EFSA) Scientific Panel on Biological Hazards, BIOCONTAM Unit, sub Working Group on “Pathogenicity assessment of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and the public health risk posed by contamination of food with STEC”. Parma, 2018-2019.

Kvalitetsprogrammer

Laboratoriet fungerer som ECDC’s mikrobiologiske støttelaboratorium og organiserer årligt en EQA af sero- og virulenstypning af primært STEC stammer, men også andre diarréfremkaldende E. coli stammer. I Danmark organiserer laboratoriet et årligt EQA program, der fra 2011 har omfattet 10-15 forskellige typer af DEC, der også er repræsentative for danske forhold. EQA programmet bliver tilbudt til mange laboratorier igennem forskellige netværk. Resultaterne for 2014-2015 for de self-funded deltagere uden for DK er beskrevet i en samlet rapport.

Links

Flemming Scheutz

Kontakt

Flemming Scheutz , Fagchef , Fødevarebårne Infektioner
T. 32683334 @. fsc@ssi.dk Se profil