Referencelaboratorium for Escherichia, Shigella og Klebsiella

Indledning

Laboratoriet fungerer som ECDC’s mikrobiologiske støttelaboratorium og organiserer eksterne kvalitetsprogrammer (EQA) i samarbejde med European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) i Stockholm og European Union Reference Laboratory (EU-RL-VTEC) for Escherichia coli, including Shiga toxin-producing E. coli (STEC), Istituto Superiore di Sanità (ISS) i Rom.

Undersøgelser

• Serotypning af Escherichia coli: Komplet karakterisering af bakteriens somatiske (O-), svingtråds- (H-) og kapsel- (K-) antigener.
• Serotypning af Shigella: Typning af bakteriens overflade (O-) antigen. 
• Serotypning af Klebsiella: Karakterisering af bakteriens kapsel- (K-) antigen.
• Virulenskarakterisering: Påvisning af relevante virulensfaktorer (adhæsiner, toksiner mv.) ved hjælp af DNA teknikker og inokulation i cellekulturer. Endvidere produktion af Shiga toksin og enzymet β-glucuronidase, samt udvalgte biokemiske reaktioner.
• Helgenomsekvensering af E. coli, Shigella og Klebsiella med det formål, at finde genetiske ligheder ved hjælp af bioinformatiske redskaber. Sammenligningerne er primært rettet mod identifikation af udbrud med STEC.

De fleste rutineundersøgelser er akkrediterede af DANAK efter ISO 17025.

Undersøgelserne giver svar på, hvilken af følgende patogene E. coli grupper et indsendt isolat tilhører:

• STEC: Shiga toksinproducerende E. coli (også kaldt Verotoksinproducerende E. coli (STEC)
• AEEC: Attaching and Effacing E. coli (eae positiv, ikke klassisk EPEC) 
• EPEC: Enteropatogene E. coli. (Klassiske og nye O:H serotyper); en opdateret liste kan altid fås ved henvendelse til fagchef Flemming Scheutz
• EIEC: Enteroinvasive E. coli
• ETEC: Enterotoksigene E. coli. Herunder også isolater, der kun er positive for astA
• EAEC: Enteroaggregative E. coli
• DAEC: Diffusely Adherent E. coli
• ExPEC: Ekstraintestinale Patogene E. coli
• UPEC: Urinvejspatogene E. coli 

Ikke akkrediterede undersøgelser omfatter: 

• Subtypning af generne for Shiga toksin (stx), som er en del af helgenomsekvenseringen.

Referencefunktioner

Teknisk ekspertise

Afklaring af bakteriernes virulens, smitteveje i produktionsmiljø, fx ved løbende overvågning, som led i kvalitetskontrol og i konkrete situationer, hvor uønsket smitteoverførsel kan have fundet sted.

Rådgivning

Afsnittet deltager gerne aktivt med rådgivning i forbindelse med udredning af mulige smitteveje og vurdering af deres relevans (evt. HACCP). Det har sjældent værdi kun at undersøge enkeltstående bakteriekulturer. Undersøgelsen prissættes individuelt og udføres kun efter aftale.

Rapportering

Zoonoses Annual Report (Zoonose rapporten indeholder data for STEC overvågning)
STEC er en individuelt anmeldelsespligtig sygdom og rapporteres ugentligt i EPI-NYT
STEC er beskrevet i årsoversigter over de zoonotiske tarminfektioner i EPI-NYT 
Der udarbejdes med mellemrum oversigter til EPI-NYT over de diarréfremkaldende E. coli (DEC) grupper, sidste gang i 2014.

Netværk

Danmark

Det danske E. coli netværk, der indeholder alle danske klinisk mikrobiologiske afdelinger

Internationalt

• International Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella
• Food and Waterborne Diseases (FWD)-ECDC: Flemming Scheutz er kontaktpunkt for samarbejdet med ECDC
• Flemming Scheutz er medlem af The International VTEC Symposium Steering Committee (IVSSC) 11^th International Symposium on Shiga Toxin (Verocytotoxin) - Producing Escherichia coli Infections. Kongresserne afholdes hvert tredje år. Den næste bliver online og organiseres fra Canada. Næste fysiske conference bliver VTEC2023 i Banff, Canada
• Konsulent for Community Reference Laboratories (CRL) network, EU's netværk for Food and Feed på veterinærsiden
• Ekstern ekspert for European Food Safety Authority (EFSA) Scientific Panel on Biological Hazards, BIOCONTAM Unit, sub Working Group on “Pathogenicity assessment of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and the public health risk posed by contamination of food with STEC”. Parma, 2018-2019.

Kvalitetsprogrammer

Laboratoriet fungerer som ECDC’s mikrobiologiske støttelaboratorium og organiserer årligt en EQA af sero- og virulenstypning af primært STEC stammer, men også andre diarréfremkaldende E. coli stammer. I Danmark organiserer laboratoriet et årligt EQA program, der fra 2011 har omfattet 10-15 forskellige typer af DEC, der også er repræsentative for danske forhold. EQA programmet bliver tilbudt til mange laboratorier igennem forskellige netværk.

Resultaterne for 2014-2015 og 2015-2016 for de self-funded deltagere uden for DK er beskrevet i disse rapporter: EQA self-funded report 2014-2015 (pdf) and EQA self-funded report 2015-2016 (pdf)

Links

• Pathogenicity assessment of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and the public health risk posed by contamination of food with STEC 
• Zoonoses Annual Report
• Joint JEMRA FAO/WHO Report, 2018: Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and food: attribution, characterization, and monitoring
• Seventh external quality assessment scheme for typing of verocytotoxin-producing Escherichia coli
• Standard Operation Procedures for O & H serotyping and reference strains (pdf)
• stx detection & subtyping protocol (pdf)
• Vero cytotoxin producing Escherichia coli (VTEC) isolated from Danish patients (pdf)