Forskning i dyrkningsuafhængig diagnostik og typning (metagenomanalyse)

Fokusområde og formål

Den nuværende typning og overvågning af tarmpatogene bakterier på SSI bliver udført på opdyrkende renkulturer. Adgang til renkulturer forventes i fremtiden at blive udfordret, da lokal KMA diagnostik i stigende grad bliver udført som PCR direkte på kliniske prøver og hertil kommer at antibiotikabehandling, opbevaring- og transporttid af kliniske prøver kan reducere dyrkningsmulighederne for de pågældende bakterier. Derfor forskes der på SSI i udvikling af metoder som kan tilvejebringe et diagnostik- og typesvar ved at anvende NGS på DNA oprenset direkte fra fæces. 

Links til udvalgte publikationer

• Andersen SC, Kiil K, Harder CB, Josefsen MH, Persson S, Nielsen EM, Hoorfar J. Towards diagnostic metagenomics of Campylobacter in fecal samples. BMC Microbiol. 2017 Jun 8;17(1):133. doi: 10.1186/s12866-017-1041-3. PubMed PMID: 28595575; PubMed Central PMCID: PMC5465461
• Costea PI, Zeller G, Sunagawa S, Pelletier E, Alberti A, Levenez F, Tramontano M, Driessen M, Hercog R, Jung FE, et al. Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies. Nat Biotechnol. 2017 Nov;35(11):1069-1076. doi: 10.1038/nbt.3960. Epub 2017 Oct 2. PubMed PMID: 28967887.

Forskningsprojekter 

Projektet omhandler afprøvning og optimering af metoder som kan berige/selektere for det ønskede DNA (PCR og hybridisering), samt uselekteret sekventering (shotgun). Sekventerings-platforme som indgår i projektet tæller Illumina og Nanopore. Målet vil være, at der opnås en typning/karakterisering af bakterien, som gør det muligt at påvise de vigtigste virulens- og AMR-markører samt typning med en resolution som giver mulighed for udbrudseftersporing. Resolutionen vil nødvendigvis blive lavere end ved WGS, da kun udvalgte dele af genomet vil blive sekvenseret.