Forskning i dyrkningsuafhængig diagnostik og typning (metagenomanalyse)

På SSI forskes i udvikling af metoder til diagnostisk og typning af tarmpatogene bakterier direkte på DNA udvundet fra fæcesprøver.

Fokusområde og formål

Den nuværende typning og overvågning af tarmpatogene bakterier på SSI bliver udført på opdyrkende renkulturer. Adgang til renkulturer forventes i fremtiden at blive udfordret, da lokal KMA diagnostik i stigende grad bliver udført som PCR direkte på kliniske prøver og hertil kommer at antibiotikabehandling, opbevaring- og transporttid af kliniske prøver kan reducere dyrkningsmulighederne for de pågældende bakterier. Derfor forskes der på SSI i udvikling af metoder som kan tilvejebringe et diagnostik- og typesvar ved at anvende NGS på DNA oprenset direkte fra fæces. 

Links til udvalgte publikationer

Forskningsprojekter 

Projektet omhandler afprøvning og optimering af metoder som kan berige/selektere for det ønskede DNA (PCR og hybridisering), samt uselekteret sekventering (shotgun). Sekventerings-platforme som indgår i projektet tæller Illumina og Nanopore. Målet vil være, at der opnås en typning/karakterisering af bakterien, som gør det muligt at påvise de vigtigste virulens- og AMR-markører samt typning med en resolution som giver mulighed for udbrudseftersporing. Resolutionen vil nødvendigvis blive lavere end ved WGS, da kun udvalgte dele af genomet vil blive sekvenseret.

Søren Persson

Kontakt

Søren Persson, Akademisk medarbejder, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32683648 @. spn@ssi.dk Se profil

Eva Møller Nielsen

Kontakt

Eva Møller Nielsen, Sektionsleder, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32683644 @. emn@ssi.dk Se profil

Kristoffer Kiil

Kontakt

Kristoffer Kiil, Bioinformatiker, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32683396 @. krki@ssi.dk Se profil