Nye PCR-tests skal styrke kontrollen med muterede varianter

TestCenter Danmark tager nu en ny PCR-test i brug som modsvar til den bekymrende udvikling med muterede varianter af SARS-CoV-2-virus. Delta-PCR testen kan påvise, om en positiv prøve indeholder B.1.1.7 og andre varianter, som man holder øje med. Det giver nye og bedre muligheder for smitteopsporingen, styrker overvågningen - og i sidste ende kontrollen med epidemien

Testanalyse 01

I denne uge tager TestCenter Danmark en ny PCR-test i brug. Den nye Delta-PCR er udviklet til at påvise nogle udvalgte, vigtige varianter af SARS-CoV-2 virus, inklusive B.1.1.7. PCR-metoden blev udviklet i december og er siden blevet testet og kvalitetssikret.

Testen bliver nu blevet implementeret i TestCenter Danmark til at screene alle positive prøver i samfundssporet. Målet er at opnå en bedre og hurtigere overvågning af de udvalgte varianters udbredelse og give bedre muligheder for smitteopsporingen.

”Vi har også sendt metoden til alle de Klinisk Mikrobiologiske Afdelinger (KMA’er) på hospitalerne, så de selv er i stand til at PCR-analysere for disse varianter. Metoden kalder vi Delta-PCR, da den sporer den mutation, som en række vigtige varianter har”, siger Direktør for TestCenter Danmark, Anne-Marie Vangsted.

Svaret sendes til smitteopsporingen

Hun forklarer videre, at det lige nu tager mellem 12-24 timer, før en positiv covid-19-prøve er screenet med Delta-PCR-test og et svar er klar. Dette er en betydelig reduktion af svartiden sammenlignet med helgenomsekventering, hvor der aktuelt er en forsinkelse på 4 dage til to uger fra prøvetagning til testsvar.

Med den nye delta-PCR vil smitteopsporingen nu få besked om borgere, der er smittet med en muteret coronavariant, på et langt tidligere tidspunkt. Hidtil har der kunnet gå op til flere uger, inden smitteopsporingen blev orienteret om, at en person var smittet med en muteret coronavariant.”

”Desuden vil de prøver, der er positive i Delta-PCR, blive sekventeret”, forklarer Anne-Marie Vangsted.

Et effektivt redskab

Den nye Delta-PCR-test kan være et effektivt redskab i kampen mod muterede varianter. Delta-PCR-testen kan nemlig påvise, om en positiv covid-prøve indeholder et udvalg af virus-varianter, som kan udfordre bestræbelserne på at bevare kontrollen med epidemien.

Blandt disse varianter findes B.1.1.7, der først blev fundet i England, men også varianten N439K, som har sin oprindelse i Rumænien, men siden ligesom B.1.1.7 har bredt sig til en række andre lande, herunder Danmark. Delta-PCR kan desuden påvise de danske minkvarianter, som stadig i mindre grad er i omløb. Det fører i sidste ende til en styrket kontrol med epidemien.

”Det er et rigtig fint skridt til at få styrket overvågningen og giver muligheder for at intensivere smittopsporingen mere specifikt efter de problematiske varianter,” siger faglig direktør Tyra Grove Krause fra Statens Serum Institut (SSI)

Ikke løsningen på alt

Hun understreger dog, at Delta-PCR ikke er løsningen på alt. Den har sine begrænsninger.

”12,1% af alle sekventerede prøver i uge 53 er af den oprindeligt rumænske stamme N439K, og kun 2,7% er indtil nu af B.1.1.7. Begge giver et positivt signal, når der testes med Delta-PCR. Så vi vil ikke med ét slag fra i morgen kunne sige noget meget præcist om udbredelsen af B.1.1.7. Men det vil vi kunne gøre med forsinkelse, når de prøver, som er ”Delta positive”, bliver sekventeret”, siger Tyra Grove Krause.

Hun peger på, at SSI sideløbende arbejder på at udvikle nye metoder, så man hurtigere ved præcist hvilken variant, en person er smittet med. Også når det for eksempel drejer sig om den sydafrikanske stamme, som Delta-PCR ikke er gearet til at påvise..

Målrettet spike-sekventering under udvikling

Delta-PCR-testen er ikke udviklet til at påvise den sydafrikanske 501Y.V2 variant, der ligesom B.1.1.7 er mere smitsom, og derfor udgør en potentiel risiko i de kommende måneder. I stedet arbejder SSI lige nu på at udvikle en anden metode, der er rettet mod ændringer i virus spikeprotein. Den vil kunne fastslå, om en given person er smittet med B.1.1.7, N439K, den sydafrikanske variant eller minkvarianten. Derudover vil metoden også give information om andre mulige variationer i spikeproteinet.

”Virus Forskning og Udviklingslaboratoriet på SSI udvikler og videreudvikler aktuelt på en målrettet spike-sekventering. Det sker i et tæt samarbejde med TestCenter Danmark og hospitalernes afdelinger for klinisk mikrobiologi (KMA), sådan at vi både kan overvåge de ”raske” smittede og de syge på hospitalerne for varianterne”, siger overlæge Anders Fomsgaard fra SSI.

En af fordelene ved metode er, at man vil kunne sekvensere flere prøver, langt hurtigere end man kan med helgenomsekventering, hvilket vil forbedre både overvågningen og smitteopsporingen. Samtidig er denne testmetode tilstrækkelig følsom til, at man ikke behøver at helgenomsekventere prøverne for at verificere resultaterne.

”I stedet vil laboratorierne kunne nøjes med at sekventere et mindre udsnit af virus spike-RNA relativt nemt og hurtigt hos alle og på den baggrund få pålidelige svar om, præcis hvilken variant der er tale om. Også når det gælder den sydafrikanske variant 501Y.V2”, forklarer Anders Fomsgaard.

Anne-Marie Vangsted

Kontakt

Anne-Marie Vangsted , TestCenter Danmark / TestCenter Danmark
T. 32685305 @. amva@ssi.dk Se profil