Den nye genetiske kortlægning af SARS-CoV-2 / COVID-19 virus i Danmark medvirker til at afklare flere udbrud hurtigere

Samarbejdet mellem Statens Serum Institut, Aalborg Universitet og landets mikrobiologiske afdelinger om at fuldgenom sekvensere virus fra alle danske tilfælde af COVID-19 har på nuværende tidspunkt resulteret i, at flere end 1700 SARS-CoV-2 virus isolater er sekvenseret og analyseret.

Denne genetiske kortlægning har allerede i flere tilfælde vist sin styrke ved at give en større forståelse af smittespredningen i Danmark. I det følgende gives forskellige eksempler på dette:

Smittekæder (udbrud) i sundhedssektoren

De genetiske sekvensanalyser af virus har vist, at vi er i stand til at finde sammenhænge samt afgrænse udbrud i højere grad end almindelig smitteopsporing kan vise. Fx viste undersøgelser af over 40 virus fra udbrud på 15 plejehjem, at i langt de fleste tilfælde var det den samme virusvariant, der cirkulerede på plejehjemmet, samt at der var tilfælde, hvor smittekæden var spredt over flere plejehjem. På tre plejehjem fandt vi imidlertid, at der var flere uafhængige smittekæder, der cirkulerede på samme tid.

Ligeledes har det i forbindelse med hospitalsudbrud været muligt at afdække om patienter og personale var en del af samme smittekæde, eller om nogle er smittet uden for hospitalet og således ikke tilhørte udbruddet. Sekvensanalyser af virus har desuden vist tilfælde, hvor flere personer end først antaget indgik i samme smittekæde, herved er ukendte smitteveje afdækket.

Landespecifikke COVID-19 virusvarianter

I forbindelsen med lukning af grænser har virus cirkuleret lokalt således, at der er fremkommet landespecifikke virusvarianter. Dette har allerede kunnet afklare smitteforhold i forbindelse med rejseaktiviteter.

Udbrud af COVID-19 blandt mennesker og mink i Nordjylland

I forbindelse med udredningen af et udbrud i Nordjylland blev der taget virusprøver fra mink på tre inficerede minkfarme, personer med tæt forbindelse til farmene, samt personer der var bosat eller arbejdede på plejehjem, og personer i lokalområdet. De genetiske undersøgelser viste, at alle virus gensekvenserne blandt de undersøgte tilhørte samme sekvenstype, og at alle de smittede dermed var smittet med virus, der tilhørte samme smittekæde.

Desuden viste undersøgelserne

• at virus i mink fra minkfarm-1 indeholdt virus, der var nært beslægtet med virus fundet hos mennesker i Danmark, hvilket tyder på, at smitten til mink mest sandsynligt er sket via et menneske.
• at virus i mink har udviklet karakteristiske nøglemutationer, som kunne repræsentere tilvænning til mink.
• at der efterfølgende er sket smitte til både mennesker samt til yderligere to lokale minkfarme, som tilsyneladende ikke har smittet videre.
• at der skete smitte til et lokalt plejehjem, der ramte både beboere og personale.
• at en smittet person deltog i en bustur fra Nordjylland til Bornholm, hvilket førte til at et betydeligt antal af medrejsende blev smittet og at der efterfølgende er set videresmitte i lokalområder, hvor deltagerne kom fra og enkelte smittede på Bornholm.

Minkene fra de inficerede farme er aflivet, og det er lykkedes de involverede kommuner og statslige styrelser hurtigt og effektivt at stoppe smittekæden i dette nu udredte udbrud.

Fremtidig håndtering

Ovennævnte viser, hvordan gensekvensanalyser af virus i sammenhæng med epidemiologiske undersøgelser er et stærkt og vigtigt værktøj til at følge og forstå smittens vej. Dette medvirker allerede nu til at bryde smitteveje og stoppe smittekæder, og bliver derfor et vigtigt instrument i den fremtidige håndtering af COVID-19 ikke mindst i forhold til at forsinke eller undgå en 2. bølge af epidemien herhjemme.

Alle fund af COVID-19 behandles nu af sundhedsmyndighedernes nye signal-gruppe, som mødes ugentligt for at koordinere det samlede arbejde omkring afdækning af udbrud og smittekæder. Her indgår de genetiske udredninger som et værdifuldt understøttende redskab til at følge og kontrollere udbrud.

Kontakt

Anders Fomsgaard, Overlæge, Virus & Mikrobiologisk Specialdiagnostik / Virus Forskning og Udvikling
Telefon: 3268 3460 eller mail: afo@ssi.dk

Tyra Grove Krause, Overlæge, Infektionsepidemiologisk afdeling
Telefon: 3268 8613 eller mail: tgv@ssi.dk