Typning og udbrudsopklaring
Typebestemmelse af de bakterier og virus, der forårsager sygdomsudbrud, er et meget vigtigt redskab til at spore udbrudskilderne. Statens Serum Institut typebestemmer mange forskellige fødevarebårne virus og især bakterier. Dermed er det bl.a. muligt at afgøre, om det er identiske mikroorganismer, der har smittet flere mennesker
Typning
På Statens Serum Institut typebestemmes mange forskellige fødevarebårne virus og især bakterier med flere forskellige teknikker. Typebestemmelsen, typningen, er et meget vigtigt redskab til at spore kilderne til sygdomsudbruddene.
Statens Serum Institut får tilsendt mange af de bakterier, der er fundet i patienter over hele landet, og ved typning af bakterierne er det muligt at bestemme deres dna-fingeraftryk og afgøre om det er identiske bakterier, der har smittet flere mennesker.
Typning af virus
Norovirus bliver typet med en metode, der involverer sekventering af dele af det virale RNA-genom. Herved er det muligt at inddele virus i forskellige hovedgrupper og undertyper.
Hvis flere personer er smittet med den præcis samme undertype, er det næsten sikkert, at de er smittet via den samme kilde.
Tilsvarende kan man nogle gange vise, at der er den samme undertype i patienter og en mistænkt fødevare, og derigennem bevise at den pågældende fødevare var kilden til udbruddet.
Typning af salmonellabakterier
Salmonella er den bakterie, der oftest ses i fødevarebårne udbrud. Blandt andet derfor er det også den bakterie, der bliver typet med flest forskellige teknikker.
Der findes mere end 2500 forskellige typer (serotyper) af salmonella, men det er kun en mindre del af disse, der bliver isoleret fra danske patienter.
Når Statens Serum Institut modtager bakterierne, serotypers de salmonellastammer, der ikke allerede er typebestemt fra de kliniske laboratorier. Det giver information om, hvilken typningsmetode, der efterfølgende skal benyttes.
Typning med Pulsed Field Gel Electrophoresis
De normalt sjældne typer bliver typet med Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE).
Det er en metode, der skærer bakteriens dna i mindre stykker. Disse stykker kan man sammenligne og derved bestemme, hvor beslægtede bakterierne er.
Denne metode er meget arbejdskrævende og tager flere dage at gennemføre. Den bruges derfor kun, hvis der fx er en ophobning over tid af en bestemt type og derfor mistanke om, at der kan være tale om et udbrud.
Fagtypning
De hyppige salmonellatyper, Salmonella Typhimurium og Salmonella Enteritidis, bliver typet med en metode, der hedder fagtypning. Denne typning sker i samarbejde med DTU Fødevareinstituttet.
Typning med ny metode
Samtidig med fagtypningen bliver bakterierne typet med en ny typningsmetode på Statens Serum Institut.
Denne metode hedder Multi Locus Variable number of tandem repeats Analysis (MLVA).
Det er en metode, der måler størrelsen af fem små omskiftelige områder af bakteriens dna. MLVA-metoden tager kun en enkelt dag at udføre og er meget mindre arbejdskrævende end PFGE.
MLVA-metoden er også et bedre redskab til at vurdere, om bakterierne er beslægtede og dermed sandsynligvis del af det samme udbrud.
Med denne metode er det også lykkedes at opklare flere salmonellaudbrud i Danmark, et eksempel herpå er beskrevet her (se udbrud 2).
Udbrudsopklaring
Salmonellabakterier, der bliver fundet i fødevarer og produktionsdyr, bliver ofte typet med PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) eller MLVA (Multi Locus Variable number of tandem repeats Analysis).
Ved hjælp af en fælles database, delt mellem DTU Fødevareinstituttet og Statens Serum Institut, er det muligt at sammenligne PFGE- og MLVA-profiler og dermed konstatere, om en bestemt salmonellatype, der er fundet i dyr eller fødevarer, også optræder blandt prøver fra patienter.
Dette kan være et stærkt indicium på, at patienten formentlig er smittet via en bestemt fødevare.
Sidst redigeret 20. september 2011