Forskningen på Statens Serum Institut (SSI) varetages i en lang række afdelinger fordelt på de tre sektorer. Blandt de væsentligste er:
Afdeling for Epidemiologisk Forskning
Afdeling for Mikrobiologisk Overvågning og Forskning
Afdeling for Klinisk Biokemi og Immunologi
Virologisk Afdeling
Mykobakteriologisk Laboratorium
Vaccineudviklingsafdeling
Afdeling for Infektionsimmunologi