Forskning i Clostridium (Clostrioides) difficile

SSI udfører national overvågning af C. difficile ved hjælp af helgenom-baseret typning af prøver indsendt fra regionale KMA’er. Forskningen som understøtter denne overvågning involverer bioinformatisk sekvensanalyse til identifikation af klonale typer og resistensmekanismer, samt epidemiologiske undersøgelse hvor typning korreleres med mortalitet og transmission. Ydermere er der på SSI iværksat et forskningsprojekt med henblik på at udvikle en vaccine mod C. difficile infektioner.

Fokusområde og formål

Der registreres årligt i Danmark over 4000 patienter med en C. difficile infektion. SSI modtager C. difficile positive prøver fra regionale KMA’er, som underlægges helgenomsekventering og herfra udledes toksinprofiler og forskellige typninger såsom Tandem Repeat Sequence Typing (TRST), Multi Locus Sequence Typing (MLST) og Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Prøver indsendes til SSI, dels løbende igennem året og udvælges her på baggrund af binært toksin positive, svær klinik eller mistanke om udbrud og dels ved en sentinel undersøgelse hvor alle KMA’er indsender alle toksingene prøver en måned i foråret og en måned i efteråret. Data og prøveanalyser samles og afrapporteres på www.SSI.dk, hvor regionale tal for 027 og øvrige hyppige typer afbilledes i tabeller og grafer. Endelig udføres wgMLST/SNP-analyser som på mest detaljerede vis, viser udbredelse af klonale typer og hjælper i udbrudshåndtering og belyser smittetransmission. SSI udvikler løbende de laboratoriebaserede og bioinformatiske analyser og samarbejder med regionale KMA om den nationale overvågning og epidemiologiske undersøgelser. 

Forskningsprojekter 

Forskning i helgenom-baseret typning af C. difficile.

SSI udvikler og optimerer løbende denne analysegang som involverer DNA oprensning, biblioteksfremstilling, automatisering og hurtiganalyser til akutte prøver. Senest er bioinformatiske metoder til identifikation af resistensmekanismer under udvikling og forventes at kunne bidrage til en forbedret overvågning og patient- og udbrudshåndtering.

Kontakt: Søren Persson, Gitte Sørensen, Eva Møller Nielsen. Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe

Forskning i C. difficile infektioners epidemiologi og mortalitet

Projektet er retrospektivt, hvor C. difficile infektioner for årene 2013 – 2017 indgår i undersøgelsen. Projektet er inddelt i 1) en registerundersøgelse som ser på incidens over tid, aldersfordeling, hospitals/samfundserhvervet, mortalitet og co-morbiditet, og 2) en delmængde af projekt 1, hvortil der forefindes mikrobiologiske undersøgelser i form af toksinprofiler og typning og her kædes disse profiler sammen med 30 dages mortalitet for at undersøge mulige sammenhænge.

Kontakt: Søren Persson. Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe, Steen Ethelberg. Afdeling for Infektionsepidemiologi og Forebyggelse

C. difficile infektioners klinik og transmission.

Den nationale overvågning som udføres på SSI har med helgenom-analyser vist at adskillige klonalt ens typer er tilstede og i fremgang på flere sygehuse. Det er derfor hypotesen at disse typer kan være forbundet med en eller flere af følgende tilpasningsevner: øget evne til at overleve i miljøet/modstå desinfektion, antibiotikaresistens, mere smittefarlige og mere patogene. Hypotesen ønskes undersøgt ved løbende at indsamle kliniske informationer, indlæggelsessted og –tider, samt koble disse informationer til toksinprofiler og typning på SNP/wgMLST-niveau. 

Kontakt: Søren Persson,  Eva Møller Nielsen. Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe

Forskning i udvikling af vaccine mod C. difficile infektioner

Den hyppigste årsag til infektion er at patienten er kommet i længerevarende antibiotika behandling mod en ikke relateret sygdom. Denne behandling skaber ubalance i tarmsystemet og gør at den multiresistente C. difficile får optimale levebetingelser. Bakterien producerer to toksiner (TcdA/TcdB), som man ved er den primære årsag til sygdomssymptomer. Toksinerne nedbryder det omkringliggende tarmepitelvæv og giver anledning til symptomer der spænder fra mild diare til pseudomembranøs kolitis. Infektionen kan slås ned med visse typer antibiotika, men det kan være særdeles svært at undgå at den vender tilbage efter endt behandling. Da toksinerne udgør den egentlige årsag til symptomer kan en alternativ behandlingsstrategi være at neutralisere toksinerne. Dette kan gøres ved enten at give patienten antistoffer som kan neutralisere toksinerne eller ved at vaccinere med et produkt, som kan fremprovokere en produktion af toksinneutraliserende antistoffer. SSI arbejder på at lave en vaccine ved at afgifte oprensede toksiner fra bakterien på en så skånsom måde, at de efterfølgende kan få kroppen til at danne antistoffer mod toksinerne. Foreløbige resultater fra forsøg på nyreceller fra aber og i mus indikerer, at vaccinen virker og kan beskytte mod infektioner.

Kontakt: René Jørgensen, Aria Aminzadeh. Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe

Eva Møller Nielsen

Kontakt

Eva Møller Nielsen, Sektionsleder, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32683644 @. emn@ssi.dk Se profil

Bakterier, Parasitter & svampe

Kontakt

Bakterier, Parasitter & svampe
Se profil

Infektionsepidemiologi & Forebyggelse

Kontakt

Infektionsepidemiologi & Forebyggelse
Se profil