Francesco Russo

Francesco Russo

Kontakt

Francesco Russo , Medfødte Sygdomme / Metabolomics
T. 32688256 @. frru@ssi.dk

Forskning

Jeg er akademisk medarbejder på Dansk Center for Neonatal Screening, Medfødte Sygdomme. I gruppen som er ledet af Dr. Madeleine Ernst, udforsker vi metabolomics' store potentiale ved brug af untargeted-baserede metoder på state of the art-massespektrometre og ved brug af machine learning-teknikker. Vores hovedfokus er blodprøver på filterpapir fra den neonatale screening, som er lokaliseret i Danmarks Nationale Biobank. Vores mål er at forudsige sygdomme i nyfødte og finde nye biomarkøre som kan implementeres i kliniske og neonatale screeningsrutiner. Vi kombinerer forskellige datatyper, inklusiv registerbaseret data, børn og mødres metadata og metabolomics, for at få bedre sygdomsforståelse. Jeg er et affilieret medlem af PREDICT, Center for Molecular Prediction of Inflammatory Bowel Disease ledet af professor Tine Jess, hvor jeg supporterer projekter relateret til klinisk metabolomics og computationelle analyser.

Uddannelse

Før jeg startede på Statens Serum Institut i februar 2021, havde jeg en postdocposition ved Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research ved Københavns Universitet i Brunak-laboratoriet. Under min postdoc var jeg finansieret af den første udgave af BRIDGE Translational Excellence Postdoctoral fellowship, sponsoreret af Novo Nordisk Foundation. BRIDGE-projektets formål var at undersøge big data (elektroniske sundhedsdata og laboratorietests) for at forbedre vores forståelse af demens. Projektet var et samarbejde med professor Søren Brunak og professor Ruth Frikke-Schmidt (Department of Clinical Biochemistry, Rigshospitalet). Min ph.d. fordelte sig på tre lande, Italien, Schweiz og Danmark, og jeg fik min ph.d.-titel i Bioinformatik fra Københavns Universitet i 2017. Ph.d.-afhandlingen inkluderede arbejde med RNA-biologi (specifikt ikke-kodende RNA'er), systembiologi, netværksbiologi, RNA-Seq og elektroniske sundhedsdata. Forskningsemnets heterogenitet gjorde det muligt at samarbejde med forskere med mange forskellige baggrunde og færdigheder på tværs af forskningsområder. Jeg tog min Bachelor- og Kandidatgrad i Molekulær Biologi fra Cataniens Universitet, Italien, under supervision af professor Alfredo Ferro, hvor jeg studerede ikke-kodende RNA og udviklede computationelle ressourcer relateret til forskningsområdet.

Google Scholar

Ansvarsområder

Mine ansvarsområder som akademisk medarbejder inkluderer forskellige opgaver relateret til datavidenskab og analyser af big data, ved hjælp af machine learning-teknikker. I særdeleshed er hovedmålet at udvikle nye computationelle metabolomics-metoder til at analysere neonatale filterpapirprøver og forbedre fortolkningen og visualiseringen af resultaterne. Mine igangværende projekter inkluderer samarbejder med PREDICT, iPSYCH, COPSAC, Rigshospitalet mfl.

Udvalgte publikationer

  • Emiliano Maiani, Giacomo Milletti, Francesca Nazio, Søs Grønbæk Holdgaard, Jirina Bartkova, Salvatore Rizza, Valentina Cianfanelli, Mar Lorente, Daniele Simoneschi, Miriam Di Marco, Pasquale D’Acunzo, Luca Di Leo, Rikke Rasmussen, Costanza Montagna, Marilena Raciti, Cristiano De Stefanis, Estibaliz Gabicagogeascoa, Gergely Rona, Nélida Salvador, Emanuela Pupo, Joanna Maria Merchut-Maya, Colin J. Daniel, Marianna Carinci, Valeriana Cesarini, Alfie O’sullivan, Yeon-Tae Jeong, Matteo Bordi, Francesco Russo, Silvia Campello, Angela Gallo, Giuseppe Filomeni, Letizia Lanzetti, Rosalie C. Sears, Petra Hamerlik, Armando Bartolazzi, Robert E. Hynds, David R. Pearce, Charles Swanton, Michele Pagano, Guillermo Velasco, Elena Papaleo, Daniela De Zio, Apolinar Maya-Mendoza, Franco Locatelli, Jiri Bartek & Francesco Cecconi; AMBRA1 regulates cyclin D to guard S-phase entry and genomic integrity, Nature volume 592, pages799–803 (2021).
  • Thilde Terkelsen, Francesco Russo, Pavel Gromov, Vilde Drageset Haakensen, Søren Brunak, Irina Gromova, Anders Krogh & Elena Papaleo; Secreted breast tumor interstitial fluid microRNAs and their target genes are associated with triple-negative breast cancer, tumor grade, and immune infiltration, Breast Cancer Research (BMC) volume 22, Article number: 73 (2020).
  • Isabella Friis Jørgensen*, Francesco Russo*, Anders Boeck Jensen, David Westergaard, Mette Lademann, Jessica Xin Hu, Søren Brunak & Kirstine Belling; Comorbidity landscape of the Danish patient population affected by chromosome abnormalities, Genetics in Medicine (Nature) volume 21, pages2485–2495 (2019). [*: Contributed equally to this work.]
  • Francesco Russo, Sebastiano Di Bella, Federica Vannini, Gabriele Berti, Flavia Scoyni, Helen V Cook, Alberto Santos, Giovanni Nigita, Vincenzo Bonnici, Alessandro Laganà, Filippo Geraci, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno, Federico De Masi, Kirstine Belling, Lars J Jensen, Søren Brunak, Marco Pellegrini, Alfredo Ferro; miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers, Nucleic Acids Research (Oxford University Press), Volume 46, Issue D1, Pages D354–D359 (2018).
  • Kirstine Belling, Francesco Russo, Anders B. Jensen, Marlene D. Dalgaard, David Westergaard, Ewa Rajpert-De Meyts, Niels E. Skakkebæk, Anders Juul, Søren Brunak; Klinefelter syndrome comorbidities linked to increased X chromosome gene dosage and altered protein interactome activity, Human Molecular Genetics (Oxford University Press), Volume 26, Issue 7, Pages 1219–1229 (2017).
  • Alessandro Laganà*, Francesco Russo*, Catarina Sismeiro, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro; Variability in the Incidence of miRNAs and Genes in Fragile Sites and the Role of Repeats and CpG Islands in the Distribution of Genetic Material, PLoS ONE 5(6): e11166 (2010). [*: Contributed equally to this work.]