Helgenomsekventering er effektiv til opklaring af listeriaudbrud

To udbrud af listeria, der ramte i alt 20 mennesker i 2013-2015, blev opklaret med helgenomsekventering som ekstra redskab til den traditionelle smitteopsporing.

Siden 2014 er alle prøver fra patienter med listeria – og prøver fra fødevarer og miljøprøver fra fabrikker med mistanke om smitte blevet helgenomsekventeret. Det har vist sig at være et særdeles værdifuldt supplement til de metoder, såkaldte sygdomsdetektiver bruger i arbejdet med at opdage sygdomsudbrud og opspore smittekilden.

Den traditionelle metode går bl.a. ud på at interviewe patienter og pårørende om, hvilken mad de har spist op til, de blev syge. Men når det gælder listeria, kan dette være særdeles vanskeligt, fordi patienterne ofte er meget svækkede og fordi der kan gå op til en måned fra man bliver smittet, til sygdommen bryder ud.

Nu har forskere på Statens Serum Institut beskrevet i en artikel, i det videnskabelige tidsskrift Clinical Microbiology and Infection, hvordan man vha. helgenomsekventering og systematisk indsamling af information om patienternes madvaner kunne påvise og spore kilderne til to listeriaudbrud, der skyldtes fiskepålæg.

En række isolerede tilfælde var i virkeligheden to udbrud

Sygdomstilfældene ville tidligere have fremstået som isolerede tilfælde, da de ti patienter i hvert udbrud blev syge over en periode på to år.

“Det ville have været rigtig svært overhovedet at opdage, at patienterne var smittet med den samme bakterietype fra den samme smittekilde, og det ville have været nærmest umuligt at finde frem til smittekilden og stoppe udbruddet, siger Steen Ethelberg.

Listeriabakterier er ikke nemme at spore tilbage til en bestemt fødevare eller en bestemt fabrik. Bakterierne kan nemlig gemme sig i et ganske lille område i produktionen længe og derfor kun dukke op med måneders mellemrum, hvor et produkt inficeres.

Helgenomsekventering kobler gerningsmand til forbrydelse

Helgenomsekventering giver det komplette billede – eller fingeraftryk – af bakterien. Derfor kan man med sikkerhed sige, at patienternes bakterier er de samme som bakterier fra den skyldige fødevare.

Men ud over den forbedrede mulighed for både at opdage forbrydelsen og finde gerningsmanden, er forskerne begejstrede for den ekstra viden om listeria, der er samlet de seneste år. For eksempel mere viden om inkubationstid, særligt udsatte personer og hyppigheden af listeriasmitte fra forskellige fødevarer.

”Det gælder også de to beskrevne udbrud. De strakte sig over flere år med ny patient cirka hver anden måned. Nu har vi to eksempler fra den virkelige verden, der beviser at det man har talt om i flere år, rent faktisk foregår”, siger Steen Ethelberg.

Interviews med patienterne viste, at flere af dem – men ikke alle - huskede at have spist røget eller gravad fisk. Helgenomsekventering kunne bekræfte dette, fordi der ud over patientprøverne også blev taget prøver af fisken og fra omgivelserne på fiskefabrikkerne, som så også blev sekventeret.

”Når man bruger helgenomsekventering sammen med den traditionelle metode kan vi finde noget, vi ikke havde drømt om før. Når de to metoder går hånd i hånd kan vi forstå de her infektioner på en måde, vi ikke før har kunnet. Fx kan det se ud til, at røget og gravad fisk muligvis er en hyppigere smittekilde end før antaget”, siger Steen Ethelberg.

De to udbrud fra røget fisk ramte i alt 20 personer – heriblandt en gravid kvinde, der fødte et dødfødt barn. Syv af patienterne døde. Erfaringerne fra bl.a. dette udbrud førte til, at en ekspertgruppe skal se på, om kostanbefalingerne skal ændres til personer i særlige risikogrupper.

Læs den videnskabelige artikel i Clinical Microbiology and Infection:
Two listeria outbreaks caused by smoked fish consumption—using whole-genome sequencing for outbreak investigations

Overvaagning af listeria

Se hvordan SSI anvender helgenomsekventering og patientinterview til at finde og opklare udbrud med listeria