Ny metode til at typebestemme colibakterier
Forskere fra SSI har udviklet en ny metode, der kan bruges til at typebestemme colibakterier. Metoden er udviklet under hensyn til, at information om typer af colibakterier fortsat kan udveksles internationalt, uanset om man bruger traditionelle typningsmetoder eller den ny metode med helgenomsekvensering.
Den traditionelle metode til at typebestemme colibakterier er både langsommelig og dyr. Eftersom helgenomsekvensering er blevet billigere de seneste år, er det oplagt at bruge metoden til typning af colibakterier. Når man laver helgenomsekvensering, får man i løbet af et par dage en stor mængde information om hele bakteriens genom. Og informationerne kommer i et helt andet sprog, end det man har brugt verden over i de sidste 70 år.
Nu har forskere fra Statens Serum Institut offentliggjort et online redskab til brug ved helgenomsekvensering af colibakterier, som gøres tilgængeligt for alle laboratorier verden over. Redskabet, SerotypeFinder og forskningen bag det er præsenteret i det videnskabelige tidsskrift Journal of Clinical Microbiology (JCM).
Ordbog og vejviser til internationalt samarbejde
”Det vi har lavet, er så at sige en kombineret ordbog og vejviser, så man kan få ordnet millioner af DNA sekvenser og på den måde finde frem til bakteriens serotype i et sprog, som bruges internationalt. På den måde kan man fortsat sammenligne landene imellem uanset metode.” forklarer ph.d. og fagchef Flemming Scheutz, Statens Serum Institut, der er en af forskerne bag.
Den traditionelle metode til typning af colibakterier stammer tilbage fra 1940’erne. Her udviklede Fritz Kauffmann på Statens Serum Institut i samarbejde med kollegerne Ida og Frits Ørskov en typningsmetode baseret på antiserum fra kaniner til at klassificere colibakterierne ud fra tre antigenklasser kaldet O, H og K.
I samarbejde med japanske forskere er de gener, der bestemmer O og H antigenerne blevet sekvenseret. Ved helgenomsekvensering kan disse gener findes i bakterien og navngives på samme måde som ved brug af kaninantisera. Samtidig får man information om mange andre egenskaber hos bakterien, som anvendes direkte til at vurdere om den aktuelle bakterie kan forårsage alvorlig, livstruende sygdom eller er mere harmløs.
Hundredvis af colibakterier ligger bag
For at sikre sig, at resultatet af typningen er lige så god med helgenomsekvensering som ved traditionel typning, indsamlede forskerne fra Statens Serum Institut helgenomsekvenser, hvor traditionelle typningsresultater også var tilgængelige, af mere end 500 colibakterier fra bl.a. USA og Japan og selvfølgelig Danmark. Mere end 120 colibakterier blev endvidere helgenomsekvenseret og typebestemt på traditionel vis på Statens Serum Institut.
”Allerede nu kan vi se, at man kan type hurtigere og bedre. Med helgenomsekvensering skal vi bare indsætte en lille smule oprenset DNA fra bakterien i maskinen. Så har vi svaret i løbet af to dage. På den traditionelle vis skal der bruges antiserum fra kaniner, og det tager 3-4 gange så lang tid, før man har typen”, forklarer Flemming Scheutz.
Colibakterier er meget forskellige – nogle kan give meget alvorlige infektioner, som man kan dø af. Andre giver forholdsvis harmløse infektioner, og andre igen er ligefrem gavnlige for os. Derfor er typning vigtig – både i forhold til at give bedst mulig behandling og i forhold til at kunne opspore eventuelle udbrud, der skyldes forurenede fødevarer.
Læs hele den videnskabelige artikel i Journal of Clinical Microbiology: Rapid and Easy In Silico Serotyping of Escherichia coli Isolates by Use of Whole-Genome Sequencing Data
Læs kommentar i samme tidsskrift: Whole-Genome Sequencing Data for Serotyping Escherichia coli—It’s Time for a Change!