Mykobakterier standardundersøgelse (mikroskopi, én PCR, dyrkning, evt. identifikation, evt. resistensbestemmelse) (R-nr. 144)

Indikation

Primær diagnostik:
Ved formodning om sygdom forårsaget af mykobakterier, dels Mycobacterium tuberculosis kompleks (M. tuberculosis, M. bovis, M. bovis BCG, M. africanum, m.fl.), dels såkaldte "atypiske" / "non-tuberkuløse" mykobakterier.

Standardundersøgelsen indeholder mikroskopi og dyrkning for mykobakterier. Herudover udføres, som led i standardundersøgelsen, én PCR for M. tuberculosis kompleks for nye patienter, dvs. patienter hvor der ikke foreligger andre mykobakterieundersøgelser indenfor det seneste år. Denne PCR for M. tuberculosis kompleks indeholder genotypisk resistensbestemmelse for isoniazid og rifampicin. Hvis en prøve bliver mikroskopi positiv og PCR negativ for M. tuberculosis kompleks, laves PCR for atypiske mykobakterier. Udføres der supplerende regional mikroskopi og/eller PCR for M. tuberculosis kompleks, skal materiale fra samme prøve sendes til SSI (prøven deles) med henblik på standardundersøgelse. Er der ikke materiale nok til at dele prøven, skal hele materialet, som udgangspunkt, sendes til SSI.

I Danmark anbefales ideelt dyrkning af 3 ekspektorater/ventrikelskyllevæsker eller en bronkialskyllevæske til initial diagnostik inklusive mikroskopi for at "udelukke" smitsom lunge TB.

Kontrol af behandlingseffekt:
For lunge TB monitoreres behandlingsrespons ved undersøgelse af ekspektorater efter hhv. 2 og 5 - 6 måneders behandling samt ved mistanke om behandlingssvigt. En tuberkulosepatient betegnes i.h.t. WHO kriterier som helbredt, når der foreligger 2 negative dyrkninger med mindst 4 ugers mellemrum efter den sidste positive, heraf en i 5. eller 6. behandlingsmåned.

Vedr. dyreprøver, se punktet "Prøvemateriale", tidspunkt og evt. prøvetagning” nedenfor.

Prøvemateriale, tidspunkt og evt. prøvetagning

ANBEFALET PRØVEMATERIALE - GENERELT
Send så meget prøvemateriale som praktisk muligt i hver beholder. Tag gerne flere prøver. Send ikke prøver som skal deles på SSI. Podepinde anbefales ikke, da de indeholder for lidt prøvemateriale. Prøvematerialet må ikke lægges i formalin eller sprit, da det dræber bakterier og ødelægger analysen.

BLOD OG KNOGLEMARV
Prøvemængde: Blod: 10 mL. Knoglemarv: Så meget som muligt.
Prøvebeholder: Hepariniseret blodprøveglas. Transporttiden skal være så kort som mulig. Opbevares ved stuetemperatur eller 35 - 37 °C indtil afsendelse.
Bemærkninger: EDTA som antikoagulant bør ikke anvendes, da det selv i små mængder hæmmer væksten af mykobakterier. Undersøgelse af blod og knoglemarv er relevant ved mistanke om miliær TB eller dissemineret infektion med andre mykobakterier. Det ses som oftest hos patienter med nedsat immunforsvar eks. ved HIV /AIDS eller immundefekt.

EKSSUDAT FRA SERØS HULHED
Prøvemateriale: Pleura-, perikardie-, ascites- eller ledvæske.
Prøvemængde: Så meget som muligt (helst 10 - 15 mL). Muligheden for at påvise mykobakterier stiger med prøvemængden.
Prøvebeholder: Hepariniseret sterilt plastrør.

FÆCES
Prøvemængde: Max. 5 mL.
Prøvebeholder: Fæcesrør med skruelåg. Prøvematerialet må ikke lægges i formalin eller sprit.

KVINDELIGE GENITALIER
Prøvemateriale: Vaginal- og cervixsekret, cervix- og endometrieskrab.
Prøvemængde: Så meget som muligt.
Prøvebeholder: Tørt sterilt plastrør.
Bemærkning: Podepind anbefales ikke, da prøvemængden er for ringe. Pga. variation i udskillelsen af mykobakterier tilrådes at undersøgelse foretages 3 gange nær midten af cyklus.

LUFTVEJSSEKRET
Prøvemateriale: Ekspektorat, trakeobronkialt sekret, bronkialskyllevæske (BAL).
Prøvemængde: Mindst 5 - 10 mL.
Prøvetagning: Ekspektorat: Prøven tages helst tidligt om morgenen, spyt og næsesvælgsekret undgås. Ekspektoratet skal opbringes ved "virkelig hoste", så patienten fornemmer, at det kommer nede fra lungerne. Patienten instrueres i at trække vejret 2 gange, hvor vejret holdes få sekunder inden udånding. Efter 3. indånding foretages en kraftfuld udånding og efter 4. indånding hostes kraftigt. Ekspektorat hostes op i steril beholder, og prøvematerialet overføres til SSI i ekspektoratdåse, der anbringes i den gule yderemballage. Prøvetagningen bør udføres udendørs eller i et velventileret rum, da den helt overvejende smittemåde er dråbeinfektion.

Traceobronkialt sekret: Velegnet materiale kan ophentes ved sug gennem kateter eller bronkoskop.

Bronkialskyllevæske (BAL) ophentet ved bronkoskopi: Ved skylning af bronkoskopet før brug skal ubehandlet ledningsvand undgås, da dette kan indeholde mykobakterier, der vanskeliggør påvisning, isolation og resistensbestemmelse af M. tuberculosis complex. Anvend derfor sterilt vand.
Prøvebeholder: Tørt sterilt plastrør eller ekspektoratdåse. Prøvematerialet må ikke lægges i formalin eller sprit

Bemærkninger: Pga. variation i udskillelsen af mykobakterier anbefales internationalt, at der undersøges ekspektorater fra 3 på hinanden følgende dage. Hvis patienten ikke ekspektorerer, kan 2 - 3 gange ventrikelskyllevand eller 1 x BAL anvendes.

PUS OG SÅRSEKRET
Prøvemængde: Så meget som muligt aspireres med sprøjte (hvis der kun er en mindre mængde materiale, der ikke kan aspireres, lægges materialet på eSwab med tilhørende plastrør, evt. steril vatpind med et par dråber sterilt vand/saltvand i sterilt rør.
Prøvebeholder: Aspireret materiale: Tørt, sterilt plastrør.
Prøvematerialet må ikke lægges i formalin eller sprit

SPINALVÆSKE OG HJERNEVENTRIKELVÆSKE
Prøvemængde: Så meget som muligt (helst > 2 mL). Muligheden for at påvise mykobakterier stiger med prøvemængden.
Prøvebeholder: Tørt sterilt plastrør.
Ved meget ringe prøvevolumen kontaktes indsendende afdeling normalt med henblik på prioritering af analyser.

URIN
Prøvemateriale: Midtstråleurin fra morgenens første vandladning (mykobakterier akkumuleres i blæren i løbet af natten).
Prøvemængde: Minimum 40 mL fra hver af 3 på hinanden følgende dage.
Prøvebeholder: Tørt sterilt plastrør.

VENTRIKELSKYLLEVAND
Prøvetagning: Opsaml prøver tidligt om morgenen i 3 på hinanden følgende dage efter faste. En steril slange føres gennem munden ned i ventriklen. 200 - 300 mL sterilt vand (mindre hos børn) hældes gennem slangen ved hjælp af tragt. Det er vigtigt, at der stadig er vand i slangen. Ventriklen skylles et par gange ved hævertvirkning eller med stor sprøjte, hvorefter skyllevandet opsamles.
Prøvemængde: Op til 200 mL, mindre fra børn (ned til 10 mL).
Prøvebeholder: SSI flaske mærket "TB, ventrikel" emballeret i tilhørende æske.
Forsendelse: Hurtig forsendelse anbefales.Alternativt neutraliseres prøven med 200 mg (½ knivspids) NaHCO3 ("tvekulsurt natron") pr. 100 mL prøve før forsendelse. 

VÆV
Prøvemateriale: Hud, bindevæv, knoglevæv, glandelvæv, pleurabiopsi, obduktionsmateriale mm. Prøvebeholder: Vævsdåse eller tørt sterilt plastrør. Undgå tilsætning af formalin til prøvematerialet.

DYREPRØVER / ISOLATER
Prøvetagning, mængde, beholder og forsendelse tillempes ovenstående anbefalinger. Bemærk; hvis der fremsendes isolater fra dyr (eller undtagelsesvist non-tuberkuløse mykobakterier mennesker), så udføres der ”standardundersøgelse” (R-nr. 144), og ved påvisning af mykobakterier udføres speciesbestemmelse.

Rekvirering

Undersøgelsen kan rekvireres via WebReq i modulet "Klinisk Kemi" eller på blanket nr. 1 "Bakterier" (lys orange kant).

Prøvemateriale og anden sygdom anføres af hensyn til valg af optimal forbehandlingsmetode og dyrkningssubstrater.

Emballering, opbevaring og forsendelse

Prøven indesluttes i en robust beskyttelsesbeholder under forsendelsen.

Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2 - 8 °C) og sendes hurtigst muligt.

Undtagelse: Blod og knoglemarv bør opbevares ved stuetemperatur eller 35 - 37 °C indtil afsendelse. Prøven beskyttes mod lys. Hvis prøven forventes at være undervejs i mere end 4 dage, bør den fremsendes på køl.

Svar

Mikroskopi:
Ingen, få, en del, eller mange syrefaste stave.
PCR for M. tuberculosis kompleks inklusive genotypisk resistensbestemmelse, se R-nr. 145 og R-nr. 149.

Dyrkning:
Resultatet gradueres som; ingen vækst eller få, en del eller mange kolonier af <speciesnavn> påvist.

Dyrkningsbaseret resistensbestemmelse:
S, I eller R (følsom eller resistent) på det første isolat.

For M. tuberculosis bliver genotypning som oftest foretaget på resistensbestemte isolater. Genotypningsresultat sendes til rekvirerende afdeling, men kan oplyses til behandlende læge og/eller smitteopsporingscenter på anmodning, se R-nr. 128.

Svartid

Mikroskopi:
Resultatet besvares normalt 1 - 2 hverdage efter prøvens modtagelse. Alle positive nyfund forsøges udtelefoneret.

PCR for M. tuberculosis kompleks inklusive genotypisk resistensbestemmelse:
Se R-nr. 145 og R-nr. 149.

Dyrkning/identifikation:
Resultatet afsendes, så snart det foreligger. Ved positiv dyrkning som oftest efter ca. 3 uger og ved negativ dyrkning ca. 8 uger efter prøvens modtagelse.

Alle nyfund af M. tuberculosis kompleks forsøges udtelefoneret. Anfør direkte (bemandet) telefonnummer på rekvisition.

Resistensbestemmelse:
Skriftligt typisk 10 - 14 dage efter isolation af tilstrækkelig og ren vækst af mykobakterier. Alle nyfund af multiresistent (rifampicin og isoniazid resistent) tuberkulose udtelefoneres. Ønskes hurtig resistensbestemmelse, se R-nr. 149.

Epidemiologisk typning med MIRU-VNTR:
Resultatet foreligger normalt ca. 3 uger efter isolation af mykobakterier tilhørende M. tuberculosis kompleks, se R-nr. 128.

Tolkning og reference-værdier/interval

Mikroskopi:
Sensitiviteten er ca. 60 % sammenlignet med dyrkning af mykobakterier. Negativ mikroskopi udelukker derfor ikke forekomst af mykobakterier. Specificiteten er > 99 % for Mycobacterium genus. Positivt resultat viser tilstedeværelse af levende eller døde mykobakterier i prøven, men ikke arten. Ved fund af syrefaste stave i luftvejsprøver fra en ubehandlet tuberkulosepatient, anses patienten for smittefarlig. Efter behandlingsstart kan der i flere måneder forekomme døde mykobakterier i kontrolprøver. Undersøgelsen har derfor, i modsætning til dyrkning, begrænset værdi til kontrol af behandlingseffekt.

PCR for M. tuberculosis kompleks inklusive genotypisk resistensbestemmelse:
Se R-nr. 145 og R-nr. 149.

Dyrkning:
Sensitiviteten er høj, men negativt resultat udelukker ikke infektion med mykobakterier. Sensitiviteten øges med antallet af undersøgte prøver. Derfor anbefales i Danmark 3 prøver. Ved positivt resultat afspejler antallet af kolonier prøvens indhold af levende mykobakterier. Undersøgelsen er derfor, i modsætning til PCR, egnet til kontrol af behandlingseffekt.

Artsbestemmelsen:
Er vejledende for behandlingen.
Fund af arter tilhørende M. tuberculosis kompleks er normalt patologisk og bør medføre behandling. Fund af andre arter kan være patologisk, afhængig af art, bakterieantal, lokalisation og øvrige kliniske og parakliniske fund. Se evt. American Thoracic Society guidelines.

Dyrkningsbaseret resistensbestemmelse:
Graden af resistens angives som følsom eller resistent vurderet ud fra kritiske koncentrationer af det pågældende stof.

Epidemiologisk typning:
Anvendes til at følge tuberkulosesituationen i Danmark samt til smitteopsporing ved samfundserhvervet, erhvervsbetinget eller nosokomiel tuberkulose. DNA genotypen for det aktuelle isolat sammenlignes med genotyper fra andre patienter. Identiske genotyper i flere patienters isolater indikerer, at patienterne kan tilhøre samme smittekæde.

Bemærkning

Mycobacterium tuberculosis kompleks indeholder M. tuberculosis, M. bovis, M. bovis BCG, M. africanum, M. microti, M. canettii, M. caprae og M. pinnipedii.

Referencer: 

Undersøgelsens princip

Undersøgelsen indeholder flere analyser. Før disse bliver udført, bliver de fleste prøver forbehandlet med NaOH for at homogenisere og opkoncentrere prøven og for at dekontaminere og herved mindske risikoen for overvækst af uvedkommmende bakterier og svampe. Mikroskopi af syre-alkohol-farvet præparat, PCR og dyrkning laves efterfølgende. Ved positiv PCR og/eller vækst bliver isolatet artsbestemt med forskellige molekylærbiologiske og genotypiske metoder. På M. tuberculosis kompleks udføres i Danmark resistensbestemmelse og epidemiologisk genotypning, mens øvrige mykobakterier bliver undersøgt på forskellige vis, se nedenfor.

Fluorescensmikroskopi:
Udføres efter farvning med auramin/rhodamin og affarvning med syre og alkohol.

PCR for M. tuberculosis kompleks inklusive genotypisk resistensbestemmelse:
Se R-nr. 145 og R-nr. 149.

Dyrkning: Udføres på specialsubstrater afhængigt af prøvematerialet. Alle prøver dyrkes i et automatiseret dyrkningssystem, som aflæses en gang i timen.

Artsbestemmelse:
Udføres i flere trin. De hyppigst forekommende arter identificeres ved genamplifikation efterfulgt af hybridisering til artsspecifikke prober. Yderligere fysiologiske tests eller sekventering kan være påkrævet. Artsbestemmelse udføres normalt på isolatet fra patientens første dyrkningspositive prøve, og på efterfølgende isolater, der formodes at tilhøre en anden art. Udføres desuden ved positivt dyrkningsfund > 1 år efter seneste artsbestemmelse samt lejlighedsvist på mikroskopi positive primære prøver.

Resistensbestemmelse:
M. tuberculosis kompleks udføres normalt v.h.a. PCR, når der er DNA nok, og på det første isolat og efterfølgende hver 3. måned, så længe patientens prøver er dyrkningspositive. Yderligere resistensbestemmelser kan rekvireres. Resistensforhold bestemmes primær over for følgende stoffer: ethambutol, rifampicin, isoniazid og pyrazinamid. Ved resistens udføres supplerende resistensundersøgelser for 2nd line stoffer.

Resistensbestemmelse hurtigvoksende mykobakterier (fx M. abscessus, M. fortuitum, M. mucogenicum, og M. peregrinum) udføres normalt på det første isolat og en gang årligt derefter. Yderligere resistensbestemmelser kan rekvireres. Undersøgelsen udføres ved MIC-bestemmelse for bla. clarithromycin, amikacin, moxifloxacin, doxycyclin, sulfatrim, linezolid og tigecyclin.

Resistensbestemmelse langsomtvoksende mykobakterier (fx. M. avium, M. intracellulare, M. malmoense og M. xenopi) udføres ikke rutinemæssigt, da der generelt er usikker korrelation mellem resistensbestemmelse og behandlingseffekt (dog undtaget makrolider). Ved tidligere makrolidbehandling eller recidiv under behandling med makrolider kan resistensbestemmelse rekvireres.
Resistensbestemmelse foretages i første omgang over for clarithromycin (flere koncentrationer). I tillæg kan også resitensbestemmes over for bla. ethambutol, amikacin, rifabutin, ofloxacin og moxifloxacin bestilles.

Epidemiologisk typning:
Foretages ved MIRU-VNTR i 24 loci. Analysen udføres normalt på det første M. tuberculosis kompleks isolat samt ved recidiv - normalt uden beregning i Danmark.

Synonym

Mykobakterier, standardundersøgelse

Akkreditering

DANAK logo   Undersøgelsen er akkrediteret af DANAK efter ISO 17025.

Mikroskopi, dyrkning og artsbestemmelse af de hyppigste mykobakteriearter samt resistensbestemmelse af M. tuberculosis kompleks for 1. valgs stoffer er ISO17025 akkrediteret af DANAK under registreringsnummer 397 til prøvning.

Bestillingskode

SSI00144
116011006000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Knoglemarv
116011017100000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Blod (heparin-glas)
116011020000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Spinalvæske
116011020200000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Hjerneventrikelvæske {liquor}
116011030000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Ledvæske
116011040000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Pleuravæske
116011041000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Perikardievæske
116011042000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Ascitesvæske
116012014000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Ekspektorat
116012016000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Trakealsekret
116012020000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Pus
116012021000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Sekret - podning - Cervix
116012021000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Sekret - podning - Vagina
116013000100000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Urin - midtstråle
116013043300000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Fæces
116014000000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Væv
116014000100000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Væv {paraffinindstøbt}
116014000900000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Biopsi-hud
116014001020020 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Biopsi - Pleura
116014003000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Knoglevæv
116014006000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Lymfeknude - væv
116015000030745 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Podning - Endometrium
116015000030760 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Podning - Cervix
116015030000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Sår - podning
116016012000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Ventrikelskyllevæske {mavesæk}
116016015000000 Mycobacterium (TB) Mikroskopi og dyrkning - Bronkoalveolær lavage {BAL}

Svarkode

SSI00144

Sidst redigeret 9. november 2017

Søg diagnostisk undersøgelse

Eller

Kontakt

Tuberkulose og Mykobakterier

Tlf.: 3268 3731


Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00

Sygdomsleksikon