Forskning i Campylobacter

Vores nuværende forskning på Campylobacter er baseret på helgenom-sekvensering af isolater, og er fokuseret på, hvordan man anvender denne metode for at opnå ny viden omkring Campylobacters epidemiologi.

Fokusområder og formål

Vores forskningsindsats er fokuseret på helgenom-sekvensering (WGS), og hvordan denne metode kan benyttes til at forbedre typningen og overvågningen af Campylobacter infektioner i Danmark. Vores forskning vedrører hovedsagelig C. jejuni isoleret fra danske patienter og har til formål at vise, hvordan WGS kan bruges til påvisning af udbrud, og derudover har potentiale til detektere infektionskilderne ved sammenligning til C. jejuni fra fødevarer og dyr. Vores forskning beskæftiger sig ydermere med at sikre sammenlignelighed mellem WGS resultater og resultaterne fra de tidligere, konventionelle metoder.

Links til udvalgte publikationer 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1198743X1730410X?via%3Dihub

Forskningsprojekter

Brug af helgenom-sekvensering (WGS) til detektion af genetiske match mellem Campylobacter fra danske patienter og fødevarer/dyr 

Tidligere anvendte typningsmetoder for Campylobacter har ikke haft tilstrækkelig opløsning til at kunne påvise udbrud. WGS er til gengæld en metode, som tilbyder ultimativ diskrimination mellem isolater og er dermed en fordelagtig mulighed i typnings -og overvågningsøjemed. Gennem WGS analyse af flere hundrede patientisolater indsamlet fra nogle af landets klinisk mikrobiologiske laboratorier på hospitalerne, og sammenligning til lige så mange Campylobacter isolater indsamlet af fødevarestyrelsen fra fødevarer og dyr i samme periode, kan vi derfor vise hvordan WGS kan benyttes til at detektere sammenhænge og mulige udbrud.

Bestemmelse af antimikrobiel resistens gennem helgenom-sekvensering

Udviklingen af antimikrobiel resistens (AMR) i Campylobacter er et stigende problem og en stor udfordring for folkesundheden. Med WGS tilgængeligt er det muligt at få klarlagt en bakteries genom, og dermed kan der undersøges for et væld af genetiske forskelle i bakterien. På nuværende tidspunkt påvises AMR i Campylobacter via fænotypiske metoder efter internationale standarder. For at en fremtidig WGS-baseret AMR-overvågning af Campylobacter kan finde sted, er det nødvendigt at kunne detektere AMR fra WGS-data. Formålet med dette forskningsprojekt er at kunne erstatte den hidtil anvendte fænotypiske metode med WGS.

Katrine Grimstrup Joensen

Kontakt

Katrine Grimstrup Joensen, Akademisk medarbejder, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32688965 @. knj@ssi.dk Se profil

Eva Møller Nielsen

Kontakt

Eva Møller Nielsen, Sektionsleder, Bakterier, parasitter og svampe / Fødevarebårne Infektioner
T. 32683644 @. emn@ssi.dk Se profil