Helgenomsekventering kan måske spare tid ved sygdomsudbrud

Helgenomsekventering af prøver fra patienter med mistanke om VTEC var hurtigere end traditionel diagnostik, viste en undersøgelse, der blev udført under et VTEC-udbrud i 2012. Det kan have betydning for opsporing af smittekilder ved sygdomsudbrud.

Langt de fleste analyser af prøver fra personer, der menes smittet med en infektion, foretages på stedet i de laboratorier, hvor prøven tages. Men er der tale om mistanke om særlige bakterier, eller mistanke om, at det drejer sig om en infektion, som skyldes fx forurenede fødevarer, sendes prøverne – eller isolater fra prøverne – til analyse på Statens Serum Institut (SSI), som bruger dem til at undersøge, om der er tale om et sygdomsudbrud, og til at finde kilden til smitte.

I efteråret 2012 sås et sådan udbrud med en særlig E. coli bakterie kaldet VTEC (Verocytotoksinproducerende E. coli). Infektioner med denne type bakterier kan udvikle sig til akut nyresvigt (hæmolytisk uræmisk syndrom – HUS).

I løbet af dette udbrud, blev isolater fra 42 bakterieprøver sendt til analyse på SSI over en periode på syv uger. Samtidig blev prøverne analyseret på en anden måde på Center for Genomic Epidemiology på Danmarks tekniske universitet (DTU). Her blev der foretaget helgenomsekventering af bakterierne. Derefter sammenlignede en forskergruppe fra både SSI og DTU resultaterne for at se, om helgenomsekventering kunne stå mål med den traditionelle diagnostik. Her gennemgår prøverne typisk forskellige analysemetoder, før man kender bakteriens molekylære fingeraftryk godt nok til, at man kan se, om de forskellige patienter er smittet med samme bakterietype, og om det hænger sammen med prøver fra mistænkte fødevarer.

Med helgenomsekventering får man ganske enkelt det komplette billede af bakteriens genom. Det er en kæmpe bunke oplysninger, som det umiddelbart er svært at finde hoved og hale i, men i undersøgelsen, der er offentliggjort i det videnskabelige tidsskrift Journal of Clinical Microbiology, benyttede forskerne sig af forskellige web-værktøjer, der kunne hjælpe med at udtrække de relevante mikrobiologiske informationer.

Sparede en halv dag

Ved sammenligningen af de to metoder viste det sig, at helgenomsekventering, og afkodning af data i dette tilfælde, kunne foretages på fire dage, mens det tog cirka fire en halv dag med den traditionelle metode. Det har ført til, at SSI nu har indført helgenomsekventering for hurtigere at kunne opdage mulige udbrud med fødevarebårne infektioner.

"Vi arbejder nu på helt at erstatte de traditionelle metoder med helgenomsekventering til overvågning af disse infektioner. Det ser spændende ud, og vi fokuserer på, hvordan man kan afkode og oversætte de mange oplysninger, således at klinikerne og epidemiologerne kan anvende det i praksis", siger Flemming Scheutz, leder af WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Escherichia and Klebsiella på SSI, og som er medforfatter til undersøgelsen og ansvarlig for den daglige laboratorieovervågning af VTEC.