Genetisk epidemiologi
Arvelige faktorer spiller en stor rolle for en lang række sygdomme. Det er dog ofte ukendt præcis hvilke gener, der er indblandet. I forskningsgruppen for Genetisk Epidemiologi på Statens Serum Institut (SSI) søger vi på molekylært niveau efter genvarianter med betydning for blandt andet præterm fødsel, fødselsvægt, børneeksem, alder ved første menstruation og børns tandsundhed.
Genvarianter
Det menneskelige genom består af 3 milliarder såkaldte nukleotider koblet sammen efter hinanden i DNA strenge. På nogle positioner i DNA strengen kan forskellige personer have forskellige udgaver af nukleotidet – A, C, G, eller T. Disse genetiske varianter kaldes enkeltnukleotidpolymorfier (single nucleotide polymorphisms, SNPs). Flere end 11 millioner SNPs er blevet fundet gennem det Humane Genom Projekt og det internationale HapMap projekt.
Nukleotidets placering på DNA-strengen kan variere fra person til person
Association med sygdom
I associationsstudier undersøger vi, om en genetisk variant, som f.eks. en SNP, er fordelt forskelligt hos en gruppe patienter sammenlignet med en gruppe raske kontrolpersoner. Tidligere foregik associationsstudier primært ved at udvælge op til nogle hundrede SNPs i særlige kandidatgener med formodet betydning for sygdommen. De fundne associationer kunne dog som oftest ikke genfindes i efterfølgende uafhængige undersøgelser.
Undersøgelse af hele genomet
Teknologiske fremskridt har inden for de seneste 3-4 år gjort det muligt at foretage associationsstudier med 100.000-vis af SNPs fordelt over hele genomet (såkaldte genome-wide association studies, GWA-studier). Denne hypotesefri fremgangsmåde har vist sig yderst effektiv – flere end 2000 SNPs med betydning for flere end 150 sygdomme er nu blevet identificeret.
Registre og biobanker
Vi er på SSI særdeles godt rustet til at foretage GWA-studier, dels gennem de store biobanker ved instituttet og dels gennem vores ekspertise i forskningsbrug af data fra de nationale sundhedsregistre. Vi har desuden etableret en specialiseret databank til genotype- og analysedata fra instituttets GWA studier. Det største GWA studie på instituttet handler om præterm fødsel. Her er 2000 mødre og deres 2000 børn blevet genotypet for mere end ½ million SNPs hver.
Det største GWA-studie på SSI handler om præterm fødsel. Her har vi information om mere end ½ million SNPs for 4000 individer.
Bjarke Feenstra, forsker
Fremtidsperspektiver
GWA-studier er et stærkt redskab til præcist at lokalisere genvarianter med betydning for sygdom. De fundne genvarianter er dog sjældent er i kendte kandidatgener og ofte ikke engang i nærheden af noget gen. Det er derfor nødvendigt med opfølgende funktionelle studier i dyremodeller, celle- og molekylærbiologisk forskning samt kliniske forsøg for at indkredse mekanismerne bag associationerne mellem genvarianter og sygdom. Med tiden kan denne viden forhåbentlig føre til fremskridt i forebyggelse, diagnosticering og behandling af sygdom.
Internationalt samarbejde
GWA-studier egner sig særligt godt til samarbejder, hvor resultaterne fra flere forskellige GWA datasæt kombineres, idet hvert enkelt datasæt indeholder information om hele genomet. Hvert enkelt studie har desuden ofte information om sekundære fænotyper, som f.eks. højde, cigaretforbrug, alder ved første menstruation. Disse fænotyper kan analyseres sammen med de eksisterende genotypedata. Vi deltager i flere internationale konsortier, som f.eks. EAGLE og GENEVA sammen med forskere fra bl.a. Storbritannien, Holland, Island, Frankrig og USA.
Sidst redigeret 13. december 1011